首页 | 本学科首页   官方微博 | 高级检索  
   检索      

基于生物信息学分析miRNA-195-5p在肝癌中的表达及其临床意义
引用本文:宋秀道,马锦.基于生物信息学分析miRNA-195-5p在肝癌中的表达及其临床意义[J].生命科学研究,2019(2):100-107.
作者姓名:宋秀道  马锦
作者单位:南京中医药大学苏州附属医院苏州市吴门医派研究院;苏州大学附属儿童医院药剂科
摘    要:为了研究miRNA-195-5p在肝癌(liver hepatocellular carcinoma, LIHC)中的表达及对预后的影响,并对其潜在靶基因进行生物学信息学分析,评估miRNA-195-5p在LIHC中的临床意义和诊断价值,本文利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库分析miRNA-195-5p在肝癌组织中的表达;利用Kaplan-Meier plotter数据库分析miRNA-195与肝癌患者预后的相关性;利用miRWalk 2.0数据库获取预测的与实验数据支持的miRNA-195-5p的靶基因,同时采用DAVID 6.8数据库对靶基因进行GO和KEGG富集分析,以Cytoscape 3.6.1软件构建靶基因蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并筛选PPI网络中的核心基因;通过公开访问的数据库进一步验证筛选出的核心基因。TCGA数据库分析结果显示, miRNA-195-5p在肝癌组织中的表达水平显著低于正常组织。Kaplan-Meier生存分析显示, miRNA-195低表达LIHC患者的总生存时间明显低于高表达患者。GO分析显示,miRNA-195-5p的靶基因主要显著富集到蛋白质磷酸化、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调节、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的负调节等生物学过程。KEGG分析显示, miRNA-195-5p的靶基因显著富集于癌症相关通路。miRNA-195-5p潜在靶基因所编码蛋白质之间存在复杂的相互作用,其中POLR2A、MIB1、MAPK3、ACACA、ASH1L以及MAP3K3是PPI网络中的核心基因。6个核心基因中,仅MAPK3的蛋白质与m RNA表达水平在LIHC组织中均显著上调。Kaplan-Meier生存分析进一步显示, MAPK3 m RNA水平升高预示LIHC患者总生存时间缩短。以上生物信息学分析结果初步表明, miRNA-195-5p表达下调在肝癌相关的生物学过程中起到重要调控作用,可能与其潜在靶基因MAPK3表达上调有关,这为肝癌的生物标志物研究提供了线索。

关 键 词:肝癌(LIHC)  miRNA-195-5p  靶基因  生物信息学  总生存时间

Expression of miRNA-195-5p in Hepatocellular Carcinoma and Its Clinical Significance: Evidence from Bioinformatics Analysis
Abstract:
Keywords:
本文献已被 CNKI 等数据库收录!
设为首页 | 免责声明 | 关于勤云 | 加入收藏

Copyright©北京勤云科技发展有限公司  京ICP备09084417号