| 小立碗藓WRKY基因家族生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 乔 刚,李 莉,姜 山.小立碗藓WRKY基因家族生物信息学分析[J].广西植物,2022,42(2):267-276. |
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| 作者姓名： | 乔 刚 李 莉 姜 山 |
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| 作者单位： | 贵州师范大学 生命科学学院,贵阳 550001,贵州师范大学 国际教育学院,贵阳 550001 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(31260426,31560508)[Supported by National Natural Science Foundation of China(31260426, 31560508)]。 |
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| 摘 要： | WRKY作为最先在植物中发现的转录因子,在植物生长发育等过程中发挥重要作用。为了更好地研究小立碗藓WRKY蛋白的结构与功能,该文以Pfam数据库中WRKY基因家族数据(登录号为PF03106)为材料,分析了小立碗藓(Physcomitrella patens)WRKY基因家族成员的理化性质、蛋白质的二级结构预测、染色体定位、内外显子分布及系统进化关系。结果表明:(1)小立碗藓WRKY基因家族成员共有38个基因,根据WRKY保守结构域个数和锌指结构类型分成Ⅰ、Ⅱ两大类,不含第Ⅲ类(锌指结构为C2HC型),其中部分基因WRKY保守结构域发生变异。(2)WRKY蛋白氨基酸长度在216~775 aa之间、相对分子质量在24.5~82.8 kDa之间,亚细胞定位显示WRKY家族成员蛋白质定位于细胞核中。(3)WRKY蛋白的二级结构以α-螺旋、延伸链、β-转角、无规卷曲四种构成元件构成,除PpWRKY11(α-螺旋为主)外,其余无规卷曲占比高达70%。(4)与拟南芥的系统进化关系表明,植物在进化过程中WRKY家族成员的数目与进化方式发生改变,WRKY基因家族成员外显子的个数为3~7个。(5)小立碗藓WRKY基因家族成员无规则分散于21条染色体上,并未形成基因簇。该研究通过分析WRKY基因家族的基本结构与性质,能为后续深入研究WRKY转录因子的功能奠定基础。
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| 关 键 词： | 小立碗藓 WRKY转录因子 基因家族分析 生物信息 |
| 收稿时间： | 2020/11/28 0:00:00 |
Bioinformatics analysis of WRKY gene
family in Physcomitrella patens |
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| QIAO Gang,LI Li,JIANG Shan.Bioinformatics analysis of WRKY gene
family in Physcomitrella patens[J].Guihaia,2022,42(2):267-276. |
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| Authors: | QIAO Gang LI Li JIANG Shan |
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| Institution: | 1. School of Life Sciences, Guizhou Normal University, Guiyang 550001, China; 2. School of
International Education, Guizhou Normal University, Guiyang 550001, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | |
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