谷子ARF基因家族的鉴定与生物信息学分析 |
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引用本文: | 赵艳,瓮巧云,马海莲,宋晋辉,袁进成,王凌云,董志平,刘颖慧. 谷子ARF基因家族的鉴定与生物信息学分析[J]. 植物遗传资源学报, 2016, 17(3): 547-554. DOI: 10.13430/j.cnki.jpgr.2016.03.022 |
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作者姓名: | 赵艳 瓮巧云 马海莲 宋晋辉 袁进成 王凌云 董志平 刘颖慧 |
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作者单位: | 1. 河北北方学院,张家口,075000;2. 河北省农林科学院谷子研究所,石家庄,050001 |
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基金项目: | 国家科技重大专项(2014ZX0800909B),河北省高等学科拔尖人才选拔与培养计划(BRZ-234),河北北方学院重大项目(ZD201305),河北北方学院作物学重点实验室 |
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摘 要: | 生长素应答因子(ARF,auxin response factors)是一类可以结合在生长素应答基因启动子部位的转录因子,在植物的生长发育中起至关重要的作用。本研究以谷子为材料,共鉴定出24个ARF基因,命名为Si ARFs。利用生物信息学对谷子Si ARFs基因的结构、染色体分布、基因倍增模式、系统进化以及基因的表达模式进行分析。结果表明,Si ARF基因家族在染色体上呈不均匀分布,除2号染色体外,其他染色体上都有该家族基因,基因的扩增模式为分散复制与片段复制。Si ARFs基因家族具有相对保守的结构,即包含1个保守的B3 DNA结构域、ARF结构域和Aux/IAA结构域,ARF蛋白的3D结构含有3个α螺旋和7个β折叠结构。进化树分析表明谷子ARF蛋白和物种相近的高粱、玉米聚在一起。大多数ARF基因在谷子根、茎、叶和穗中都有表达,且不同基因表达量有较大差异。
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关 键 词: | 谷子 ARF 生物信息学分析 蛋白结构 |
收稿时间: | 2015-06-30 |
修稿时间: | 2015-07-06 |
Genome-Wide Identification and Bioinformatics Analysis of ARF Gene Family in Setaria Italica |
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Abstract: | |
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Keywords: | setaria italica ARF information analysis protein structure |
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