α/β类蛋白质折叠类型的分类方法研究 |
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作者姓名: | 马帅 王勤 李晓琴 |
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作者单位: | 北京工业大学生命科学与生物工程学院,北京 100124;北京工业大学生命科学与生物工程学院,北京 100124;北京工业大学生命科学与生物工程学院,北京 100124 |
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基金项目: | 北京自然科技基金(4112010)资助。 |
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摘 要: | 蛋白质折叠规律的研究是生命科学重大前沿课题之一,折叠分类是蛋白质折叠研究的基础。本文基于LIFCA数据库,选取样本量大于2的55种α/β类蛋白质折叠类型为研究对象。结合蛋白质折叠类型的定义及其保守拓扑结构特征,确定了55种蛋白质折叠类型的模板及其对应的特征参数。建立了基于模板的打分函数Mul-Fscore,并结合二级结构参数信息,给出了55种α/β类蛋白质折叠类型的多模板分类方法。用此方法对LIFAC数据库中的931个样本进行检验,分类结果的平均特异性、平均敏感性、MCC值分别为99.58%、79.47%、79.39%。与TM-score分类结果对比发现,Mul-Fscore分类的敏感性与MCC值好于TM-score的相应结果,平均特异性相近。
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关 键 词: | α β类蛋白质 折叠类型分类 打分函数 LIFCA数据库 |
收稿时间: | 2014-02-03 |
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