SARS病毒M蛋白的二级结构和B细胞表位预测 |
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引用本文: | 吕燕波,万瑛,吴玉章. SARS病毒M蛋白的二级结构和B细胞表位预测[J]. 中国生物工程杂志, 2003, 23(6): 41-45 |
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作者姓名: | 吕燕波 万瑛 吴玉章 |
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作者单位: | 第三军医大学免疫学教研室全军免疫学研究所, 重庆 400038 |
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摘 要: | 以SARS病毒基因组序列为基础,采用GarnierRobson方法、ChouFasman方法和KarplusSchulz方法预测蛋白质的二级结构;按KyteDoolittle方案、Emini方案和JamesonWolf方案预测SARS病毒M蛋白的B细胞表位。预测结果表明,在SARS病毒M蛋白N端第11~20、27~36区段和第133~141区段可能是α螺旋中心;M蛋白分子N端第20~27、34~37,44~56,61~64,70~76,79~97,117~132,142~147,165~176区段和第216~221区段可能是β折叠中心。在M蛋白N端第5~6、40~44、105~107、112~116、189~190、202~203区段和第210~215区段具有较柔软的结构,有可能进行一定幅度的摆动或折叠而形成较复杂的三级结构。SARS病毒M蛋白N端第1~15、37~47、99~120、181~192区段和第196~215区段内或附近很可能是B细胞表位优势区域。以蛋白质的二级结构预测作为辅助手段,用抗原指数,亲水性参数和可及性参数预测SARS冠状病毒M蛋白的B细胞表位,为实验确定SARS病毒M蛋白的B细胞表位和免疫识别研究奠定了基础 。
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关 键 词: | SARS冠状病毒 M蛋白 B细胞表位 二级结构 |
修稿时间: | 2003-05-30 |
Prediction of the Secondary Structure and B Cell Epitopes for the M Protein of SARS Coronavirus |
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Affiliation: | Department of Immunology Third Military Medical University Institute of Immunology PLA Chongqing 400038 |
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Abstract: | |
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Keywords: | SARS coronavirus M protein B cell epitope Secondary structure |
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