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| 东亚特有珍稀蕨类植物岩穴蕨(碗蕨科)高通量转录组测序及分析 | |
| 引用本文： | 刘莉,舒江平,韦宏金,张锐,沈慧,严岳鸿. 东亚特有珍稀蕨类植物岩穴蕨(碗蕨科)高通量转录组测序及分析[J]. 生物多样性, 2016, 24(12): 1325-1568. DOI: 10.17520/biods.2016231 |
| 作者姓名： | 刘莉 舒江平 韦宏金 张锐 沈慧 严岳鸿 |
| 作者单位： | 1 上海辰山植物园, 中国科学院上海辰山植物科学研究中心, 上海 201602 2 华东野生濒危资源植物保育中心, 上海 201602 3 上海师范大学生命与环境科学学院, 上海 200234 |
| 基金项目： | 上海市绿化和市容管理局科学技术项目(G142433)和中国科学院战略生物资源科技支撑体系运行专项(ZSZY-001) |
| 摘 要： | 岩穴蕨(Monachosorum maximowiczii)隶属于碗蕨科稀子蕨属, 是东亚中高海拔地区所特有的珍稀濒危植物。为了在分子水平对该物种有进一步的认识, 本文首次利用二代高通量测序技术(RNA-seq)对岩穴蕨进行了转录组测序分析。通过Illumina Hiseq 2500测序平台, 共计获得4.95 Gb原始数据(raw data), 经过滤后得到4.83 Gb有效数据(clean reads), 并进行从头组装得到了101,448条unigene。其中, 54,106条unigene预测到完整的开放阅读框。我们利用目前已知的51个植物基因组数据, 对岩穴蕨的unigene进行了详尽的功能注释, 并通过GO、COG、KEGG注释进一步了解了这些编码基因的作用方式、特征以及所参与的代谢通路。同时, 转录因子分析结果也为岩穴蕨的环境适应机制研究提供了初步线索。 |
| 关 键 词： | 蕨类植物 转录组学 高通量测序 生物多样性 适应性 |
| 收稿时间： | 2016-08-23 |
De novo transcriptome analysis of the rare fern Monachosorum maximowiczii (Dennstaedtiaceae) endemic to East Asia |
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| Li Liu,Jiangping Shu,Hongjin Wei,Rui Zhang,Hui Shen,Yuehong Yan. De novo transcriptome analysis of the rare fern Monachosorum maximowiczii (Dennstaedtiaceae) endemic to East Asia[J]. Biodiversity Science, 2016, 24(12): 1325-1568. DOI: 10.17520/biods.2016231 | |
| Authors: | Li Liu Jiangping Shu Hongjin Wei Rui Zhang Hui Shen Yuehong Yan |
| Affiliation: | 1 Shanghai Chenshan Botanical Garden, Shanghai Chenshan Plant Science Research Center, Chinese Academy of Sciences, Shanghai 201602 2 National Conservation Center for Endangered Useful Plants in East China, Shanghai 201602 3 College of Life and Environmental Sciences, Shanghai Normal University, Shanghai 200234 |
| Abstract: | |
| Keywords: | |
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