| 转录本组装与质量评价 |
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| 引用本文： | 邓飞龙,贾先波,赖松家,刘益平,陈仕毅.转录本组装与质量评价[J].生物工程学报,2015,31(9):1271-1278. |
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| 作者姓名： | 邓飞龙 贾先波 赖松家 刘益平 陈仕毅 |
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| 作者单位： | 四川农业大学 畜禽遗传资源发掘与创新利用四川省重点实验室，四川 成都 611130,四川农业大学 畜禽遗传资源发掘与创新利用四川省重点实验室，四川 成都 611130,四川农业大学 畜禽遗传资源发掘与创新利用四川省重点实验室，四川 成都 611130,四川农业大学 畜禽遗传资源发掘与创新利用四川省重点实验室，四川 成都 611130,四川农业大学 畜禽遗传资源发掘与创新利用四川省重点实验室，四川 成都 611130 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金 (No. 31172197) 资助。 |
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| 摘 要： | 转录本组装是基于第二代测序技术研究转录组的关键环节,其质量好坏直接影响到下游结果的可靠性,也是目前的研究热点与难点。转录本组装方法可以分为Genome-guided和de novo两类,它们在理论基础与算法实现方面各有优劣。转录本组装质量的高低依赖于PCR扩增错误率、第二代测序技术准确率、组装算法和参考基因组完整性等方面,而现有的算法还无法完全处理由这些因素带来的影响。本文从转录本组装方法与软件、影响组装质量的因素和对组装质量的评价指标等方面进行讨论,以期能指导纯生物学家对分析软件的选择。
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| 关 键 词： | 转录组，第二代测序，组装软件，转录组测序 |
| 收稿时间： | 2014/10/24 0:00:00 |
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