| 霍乱弧菌N16961超级整合子重复序列及基因盒分析 |
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| 引用本文： | 高艳,逄波,杜鹏程,王海印,阚飙. 霍乱弧菌N16961超级整合子重复序列及基因盒分析[J]. 生物技术通讯, 2010, 21(6): 767-770. DOI: 10.3969/j.issn.1009-0002.2010.06.004 |
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| 作者姓名： | 高艳 逄波 杜鹏程 王海印 阚飙 |
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| 作者单位： | 1. 中国疾病预防控制中心,传染病预防控制所,腹泻病室,北京,102206
2. 中国疾病预防控制中心,传染病预防控制所,生物信息室,北京,102206 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目 |
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| 摘 要： | 目的:确定O1群El Tor型霍乱弧菌N16961超级整合子(SI)中霍乱弧菌重复序列(VCR)的序列特点,以及VCR和基因盒的数量及位置。方法:用局部序列比对软件BLAST将VCR参考序列与霍乱弧菌N16961的Ⅱ号染色体进行比对,用Artemis Comparison Tool查看比对结果获得比对区域的位置信息,并采用perl语言脚本获得霍乱弧菌N16961的Ⅱ号染色体VCR相应区域的序列;用全局比对软件Clustal W将上一步获得的所有VCR序列进行多序列比对,采用perl语言脚本处理比对结果获得一致性序列;用MEGA4.0软件查看多序列比对结果,并采用perl语言脚本计算各位置变异频率,据此分析霍乱弧菌N16961的Ⅱ号染色体上VCR和基因盒的特点。结果:在N16961的超级整合子中有158个VCR,其核苷酸长度为117～124 bp;其一致性序列有126个核苷酸,其中37个为保守核苷酸位点,89个为可变核苷酸位点;139个VCR与相邻的VCR之间至少有1个基因,19个VCR相互之间没有任何基因;N16961的SI中共存在146个基因盒,基因盒大小为390～5924 bp不等,每个基因盒中整合的基因数目为1～9个不等。结论:建立了SI中VCR和基因盒的分析流程,分析了SI中VCR的保守及变异位点,明确了霍乱弧菌N16961的SI中VCR和基因盒的信息,为霍乱弧菌和其他细菌中SI的研究提供了分析基础。
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| 关 键 词： | 霍乱弧菌 超级整合子 霍乱弧菌重复序列 基因盒 |
Vibrio cholerae Repeat and Gene Cassette Analysis in the Super Integron of O1 El Tor V.cholerae Strain N16961 |
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| GAO Yan,PANG Bo,DU Peng-Cheng,WANG Hai-Yin,KAN Biao. Vibrio cholerae Repeat and Gene Cassette Analysis in the Super Integron of O1 El Tor V.cholerae Strain N16961[J]. Letters in Biotechnology, 2010, 21(6): 767-770. DOI: 10.3969/j.issn.1009-0002.2010.06.004 |
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| Authors: | GAO Yan PANG Bo DU Peng-Cheng WANG Hai-Yin KAN Biao |
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| Affiliation: | a a.Department of Diarrhea Disease;b.Department of Bioinformatics;Institute for Communicable Disease Control and Prevention,China CDC,Beijing 102206,China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Vibrio cholerae super integron Vibiro cholerae repeat gene cassette |
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