| 猪精浆蛋白基因PSP-Ⅰ和PSP-Ⅱ启动子序列克隆及生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 周辉云,李庆平,吴晗,何庆玲,宋成义,陈国宏.猪精浆蛋白基因PSP-Ⅰ和PSP-Ⅱ启动子序列克隆及生物信息学分析[J].生物信息学,2011,9(1):50-53,59. |
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| 作者姓名： | 周辉云 李庆平 吴晗 何庆玲 宋成义 陈国宏 |
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| 作者单位： | 1. 扬州大学生物科学与技术学院,扬州,225009
2. 扬州大学动物科学与技术学院,扬州,225009 |
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| 基金项目： | 农业部转基因生物新品种培育重大专项(2009ZX08010-019B和2008ZX08006-005) |
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| 摘 要： | 分别用PCR方法扩增了1.7kbp和1.6kbp的猪PSP-Ⅰ和PSP-Ⅱ基因的启动子,并进行TA克隆,测序鉴定,测序结果用DNAstar程序与Genebank中的相应序列进行对比分析,结果显示与已发表序列的同源性分别为99.8%和96.3%。利用生物信息学的方法对克隆的1.7kbp和1.6kbp的猪PSP-Ⅰ和PSP-Ⅱ基因的启动子区进行了预测分析。PSP-Ⅰ和PSP-Ⅱ基因序列对比(mVista)分析发现,启动子0→-1000bp的保守性较高,其中0→-200bp核心启动子部分的序列同源性达到了100%,而-1000bp上游序列的保守性则较低。启动子的位置预测(Promoter Scan)结果显示,转录起始点上游200bp的区域为两基因的核心启动子位置。启动子区转录因子结合位点预测(TFSEARCH)发现,转录起始位点上游的1000bp区域内含有大量的顺式调控元件,并且得到了一系列潜在的转录因子结合位点。
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| 关 键 词： | 生物信息学 PSP-Ⅰ PSP-Ⅱ 启动子 |
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