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大鼠尿激酶SYBR Green I real time RT-PCR引物的设计
引用本文:田永红,熊锦文,丁晓芳,李红钢,黄东晖,熊承良. 大鼠尿激酶SYBR Green I real time RT-PCR引物的设计[J]. 生物信息学, 2007, 5(2): 53-57
作者姓名:田永红  熊锦文  丁晓芳  李红钢  黄东晖  熊承良
作者单位:华中科技大学同济医学院计划生育研究所/生殖医学中心,武汉,430030
摘    要:设计用于SYBR Green I法实时定量逆转录多聚酶链反应(QRT-PCR)检测大鼠尿激酶型纤溶酶原激活因子(uPA)mRNA的引物。从基因库获取靶基因及相关序列,充分收集争分析相关生物信息学数据,应用Oligo 6.22设计出一对长度为21bp的引物,其GG含量为52.4%;上下游引物3’最稳定二聚体和及发夹结构的能量分别为-1.5、-0.40 kcal/mol和-3.5、-O.90 kcal/mol,引物间最稳定二聚体为-3.1 kcal/mol。5’端和中间△G值较高,高于3’端△G;引发效率分别455和403。实验证明,该引物能够高效、特异地实现对靶序列的检测,适用于SYBR Green I法实时定量检测(uPA)mRNA。

关 键 词:引物设计  生物信息学  软件
文章编号:1672-5565(2007)-02-53-05
修稿时间:2005-05-23

A design about the primer of SYBR Green I real-time quantitative RT-PCR for urokinase-type plasminogen activator in rats
TIAN Yong-hong,XIONG Jin-wen,DING Xiao-fang,LI Hong-gang,HUANG Dong-hui,XIONG Cheng-liang. A design about the primer of SYBR Green I real-time quantitative RT-PCR for urokinase-type plasminogen activator in rats[J]. Chinese Journal of Bioinformatics, 2007, 5(2): 53-57
Authors:TIAN Yong-hong  XIONG Jin-wen  DING Xiao-fang  LI Hong-gang  HUANG Dong-hui  XIONG Cheng-liang
Abstract:
Keywords:primer design  bioinformatics  software
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