| 大鼠尿激酶SYBR Green I real time RT-PCR引物的设计 |
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| 引用本文： | 田永红,熊锦文,丁晓芳,李红钢,黄东晖,熊承良.大鼠尿激酶SYBR Green I real time RT-PCR引物的设计[J].生物信息学,2007,5(2):53-57. |
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| 作者姓名： | 田永红 熊锦文 丁晓芳 李红钢 黄东晖 熊承良 |
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| 作者单位： | 华中科技大学同济医学院计划生育研究所/生殖医学中心,武汉,430030 |
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| 摘 要： | 设计用于SYBR Green I法实时定量逆转录多聚酶链反应(QRT-PCR)检测大鼠尿激酶型纤溶酶原激活因子(uPA)mRNA的引物。从基因库获取靶基因及相关序列,充分收集争分析相关生物信息学数据,应用Oligo 6.22设计出一对长度为21bp的引物,其GG含量为52.4%;上下游引物3’最稳定二聚体和及发夹结构的能量分别为-1.5、-0.40 kcal/mol和-3.5、-O.90 kcal/mol,引物间最稳定二聚体为-3.1 kcal/mol。5’端和中间△G值较高,高于3’端△G;引发效率分别455和403。实验证明,该引物能够高效、特异地实现对靶序列的检测,适用于SYBR Green I法实时定量检测(uPA)mRNA。
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| 关 键 词： | 引物设计 生物信息学 软件 |
| 文章编号： | 1672-5565(2007)-02-53-05 |
| 修稿时间： | 2005年5月23日 |
A design about the primer of SYBR Green I real-time quantitative RT-PCR for urokinase-type plasminogen activator in rats |
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| TIAN Yong-hong,XIONG Jin-wen,DING Xiao-fang,LI Hong-gang,HUANG Dong-hui,XIONG Cheng-liang.A design about the primer of SYBR Green I real-time quantitative RT-PCR for urokinase-type plasminogen activator in rats[J].China Journal of Bioinformation,2007,5(2):53-57. |
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| Authors: | TIAN Yong-hong XIONG Jin-wen DING Xiao-fang LI Hong-gang HUANG Dong-hui XIONG Cheng-liang |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | primer design bioinformatics software |
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