| 用生物信息学方法预测猪链球菌2型05ZYH33株的脂蛋白 |
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| 引用本文： | 孙理云. 用生物信息学方法预测猪链球菌2型05ZYH33株的脂蛋白[J]. 微生物学报, 2008, 48(8): 1104-1109 |
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| 作者姓名： | 孙理云 |
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| 作者单位： | 河南科技大学动物科技学院,洛阳,471003 |
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| 基金项目： | 河南科技大学校科研和教改项目，河南科技大学校科学研究基金 |
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| 摘 要： | [目的]鉴别已公布基因组序列的SS2 05ZYH33株的脂蛋白(Lpp).[方法]首先从Genbank获取由 SS2 05ZYH33基因组推测的蛋白质氨基酸序列,然后利用Lpp预测软件PrositeScan和DOLOP预测05ZYH33株的Lpp,采用SignalP 3.0 HMM、PrediSi、Phobius、LipoP-HMM和TMHMMversion2.0分析预测的Lpp的信号肽,然后经"多数票决法"确定Lpp;最后利用InterProScan和BlastP服务器对鉴定的Lpp进行功能分析.[结果]鉴定出34种Lpp,占SS2致病株05ZYH33蛋白质组的1.555%.结构与功能分析结果表明,最大的一类Lpp是ABC运输蛋白的底物结合蛋白,共有16种,其中YP_001197586、YP_001197918、YP_001198449、YP_001199435、YP_001197482、YP_001199452和YP_001198914等7种基因可与其他成分组成完整的ABC运输蛋白操纵子,这些Lpp在SS2获取糖、氨基酸和金属离子等营养物质方面具有重要作用.YP_001197698与无乳链球菌的黏附素Lmb和化脓链球菌的黏附素Lbp及YP_001198710与肺炎链球菌的SlrA高度同源,推测它们与黏附功能有关,为SS2新的毒力因子;其他Lpp包括酶、参与蛋白质折叠过程的Lpp及功能未知的Lpp.[结论]这些资料提示Lpp在SS2的生理和致病性方面具有重要作用.
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| 关 键 词： | 脂蛋白 猪链球菌2型 生物信息学 毒力因子 |
| 修稿时间： | 2008-05-09 |
Putative lipoproteins of Streptococcus suis type 2 identified by bioinformatic genome analysis |
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| Liyun Sun. Putative lipoproteins of Streptococcus suis type 2 identified by bioinformatic genome analysis[J]. Acta microbiologica Sinica, 2008, 48(8): 1104-1109 |
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| Authors: | Liyun Sun |
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| Affiliation: | College of Livestock Science & Technology, Henan University of Science and Technology, Luoyang 473001, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | lipoproteins Streptococcus suis type 2 bioinformatics virulence factors |
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