| 基于CRISPR/Cas9系统筛选猪流行性腹泻病毒复制相关基因及其验证 |
| |
| 引用本文： | 张雪,范宝超,赵永祥,钱嘉莉,王传红,徐红,郭容利,李彬,贾斌. 基于CRISPR/Cas9系统筛选猪流行性腹泻病毒复制相关基因及其验证[J]. 微生物学通报, 2022, 49(12): 5138-5149 |
| |
| 作者姓名： | 张雪 范宝超 赵永祥 钱嘉莉 王传红 徐红 郭容利 李彬 贾斌 |
| |
| 作者单位： | 石河子大学动物科技学院, 新疆 石河子 832000;江苏省农业科学院兽医研究所, 江苏 南京 210014 |
| |
| 基金项目： | 国家自然科学基金(32272996)；江苏省杰出青年基金(BK20190003)；江苏省种业振兴揭榜挂帅项目(JBGS[2021]024) |
| |
| 摘 要： | 【背景】成簇规律间隔的短回文重复序列相关蛋白(clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR-associated protein，CRISPR/Cas9)已被广泛证实是高效、强大的第三代基因编辑工具，在发现功能基因等领域取得了重要进展，但至今尚无利用该方法挖掘猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus，PEDV)宿主基因的报道。【目的】利用CRISPR/Cas9系统在全基因组范围内筛选PEDV复制相关基因，并进行候选基因的初步验证，为培育抗PEDV种猪提供科学参考。【方法】通过CRISPR/Cas9技术构建人肝癌细胞系(Huh-7)全基因组敲除文库，利用PEDV感染Huh-7文库细胞，随后经过高通量测序筛选影响PEDV复制的关键宿主因子，结合基因干扰和检测病毒效价等相关试验对影响PEDV复制的候选基因进行初步验证。【结果】构建了CRISPR/Cas9系统在全基因组范围内筛选PEDV复制相关基因的方法，将富集程度排名靠前的整合素α11(integrin α11，ITGA11)、哺乳动物复制蛋白A2(replication protein A2，RPA2)、驱动蛋白家族成员2A(kinesin family member 2A，KIF2A)、诱导髓系白血病细胞分化蛋白1(induced myeloid leukemia cell differentiation protein 1，MCL1)、多聚ADP核糖化酶1[poly(ADP-ribose)polymerase 1，PARP1]和囊泡单胺转运蛋白(vesicular monoamine transporter，SLC18A1)基因进行了验证；采用siRNA对上述基因分别进行干扰后，结果与对照组相比，干扰ITGA11可显著降低PEDV猪源靶向细胞IPEC-J2中PEDV-NmRNA、蛋白表达水平及子代病毒滴度。【结论】基于CRISPR/Cas9系统的全基因组敲除文库可作为挖掘PEDV复制相关功能基因的有效工具，ITGA11基因可作为一种制备抗PEDV猪种潜在的靶基因。
|
| 关 键 词： | 成簇规律间隔的短回文重复序列相关蛋白(CRISPR/Cas9) 猪流行性腹泻病毒 遗传筛选 整合素α11 |
| 收稿时间： | 2022-09-14 |
| 修稿时间： | 2022-10-19 |
Screening and validation of porcine epidemic diarrhea virus replication-related genes based on genome-scale CRISPR/Cas9 system |
| |
| ZHANG Xue,FAN Baochao,ZHAO Yongxiang,QIAN Jiali,WANG Chuanhong,XU Hong,GUO Rongli,LI Bin,JIA Bin. Screening and validation of porcine epidemic diarrhea virus replication-related genes based on genome-scale CRISPR/Cas9 system[J]. Microbiology China, 2022, 49(12): 5138-5149 |
| |
| Authors: | ZHANG Xue FAN Baochao ZHAO Yongxiang QIAN Jiali WANG Chuanhong XU Hong GUO Rongli LI Bin JIA Bin |
| |
| Affiliation: | College of Animal Science and Technology, Shihezi University, Shihezi 832000, Xinjiang, China;Institute of Veterinary Medicine, Jiangsu Academy of Agricultural Sciences, Nanjing 210014, Jiangsu, China |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | |
|
| 点击此处可从《微生物学通报》浏览原始摘要信息 |
|
点击此处可从《微生物学通报》下载全文 |
|
