| 鸽新城疫病毒BJ-C分离株基因组测序及系统发育分析 |
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| 引用本文： | 韩坤,梁琳,李复煌,梁瑞英,汤新明,丁家波.鸽新城疫病毒BJ-C分离株基因组测序及系统发育分析[J].微生物学通报,2022,49(12):5034-5044. |
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| 作者姓名： | 韩坤 梁琳 李复煌 梁瑞英 汤新明 丁家波 |
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| 作者单位： | 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所, 北京 100193;农业农村部动物生物安全风险预警及防控重点实验室(北方), 北京 100193;西北农林科技大学动物医学院, 陕西 杨凌 712199;北京市畜牧总站, 北京 100101 |
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| 基金项目： | 中国农业科学院创新工程计划(ASTIP-IAS15) |
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| 摘 要： | 【背景】鸽新城疫是由鸽Ⅰ型副黏病毒(pigeon paramyxovirus type Ⅰ，PPMV-1)感染引起的危害最严重的疫病之一，至今尚无有效的防控制剂。【目的】分析鸽新城疫病毒BJ-C株的基因组信息及系统发育关系，为鸽新城疫的防控提供科学依据。【方法】设计首尾重叠的6对特异性引物，利用分段扩增的方法，以鸽新城疫病毒BJ-C株基因组cDNA为模板，分别扩增、测序后进行全基因组序列拼接。以NCBI数据库中发布的新城疫病毒序列为参考，针对鸽新城疫病毒BJ-C株的基因组、F基因建立系统发育树。【结果】鸽新城疫病毒BJ-C株的基因组全长为15192nt。基于全基因组的系统发育分析发现其与PPMV-1/BJ-01/CH株的系统发育关系最近，核苷酸相似性为99.96%，氨基酸相似性高达100%，属于同一个分支，而与LaSota疫苗株等其他新城疫毒株的亲缘关系相对较远。基于F基因序列的系统发育树分析发现BJ-C株F基因与我国的BJP2013株同属一个分支。ClassⅡ类Ⅵ亚型F基因高变区序列(47-420nt)比对结果显示，安徽株Pigeon/Anhui/2369/2012、广东株Pigeon/Guangdong/GZ288/2013、北京株BJP13、浙江株Pigeon/Zhejiang/2036/2012及比利时株PPMV-1/Belgium/11-09620/2011等与BJ-C毒株处于同一个分支，同属Ⅵb亚型。【结论】本研究获得了鸽新城疫病毒BJ-C株全基因组序列，分析了其系统发育关系，确定其属于ClassⅡ类Ⅵb型，为后续防控产品的开发提供了理论依据。
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| 关 键 词： | 鸽新城疫病毒 全基因组测序 F基因 系统发育分析 |
| 收稿时间： | 2022/7/12 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2022/9/2 0:00:00 |
Genome sequencing and phylogenetic analysis of Newcastle disease virus BJ-C strain in pigeons |
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| HAN Kun,LIANG Lin,LI Fuhuang,LIANG Ruiying,TANG Xinming,DING Jiabo.Genome sequencing and phylogenetic analysis of Newcastle disease virus BJ-C strain in pigeons[J].Microbiology,2022,49(12):5034-5044. |
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| Authors: | HAN Kun LIANG Lin LI Fuhuang LIANG Ruiying TANG Xinming DING Jiabo |
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| Institution: | Institute of Animal Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100193, China;Key Laboratory of Animal Biosafety Risk Warning and Prevention and Control(North), Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Beijing 100193, China;College of Veterinary Medicine, Northwest A & F University, Yangling 712199, Shaanxi, China;Beijing Municipal Animal Husbandry General Station, Beijing 100101, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Newcastle disease virus of pigeon full-length genome sequencing fusion gene phylogenetic analysis |
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