基于Solexa高通量测序的唐古特红景天(Rhodiola algida)微卫星信息分析 |
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引用本文: | 雷淑芸,高庆波,付鹏程,杨慧玲,陈世龙,张发起.基于Solexa高通量测序的唐古特红景天(Rhodiola algida)微卫星信息分析[J].植物研究,2014(6). |
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作者姓名: | 雷淑芸 高庆波 付鹏程 杨慧玲 陈世龙 张发起 |
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作者单位: | 中国科学院高原生物适应与进化重点实验室;中国科学院西北高原生物研究所;中国科学院大学;西南大学生命科学学院; |
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基金项目: | 国家自然科学基金(31270270);中国科学院知识创新工程重要方向项目(KSCX2-EW-J-26) |
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摘 要: | 利用所获得的Solexa高通量唐古特红景天转录组拼接EST序列进行微卫星位点的挖掘分析,期望为红景天属SSR标记的开发提供生物信息学依据。在得到的6552条EST序列中,三碱基最多,占总EST序列的41.50%;单核苷酸和二核苷酸重复类型的SSR含量相似,分别为27.76%和24.76%;二至六碱基微卫星分布密度与其对应的SSR含量成正比。在单核苷酸重复类型中,T和A重复类型最多,分别为总SSR的14.91%、12.70%,而G和C重复类型则很少;在二核苷酸重复类型中,AG重复类型最多,占总SSR的5.60%,GA和TC重复类型次之,分别为4.75%、4.72%;在三核苷酸重复类型中,GAA重复类型最多,为总SSR的1.85%,GAT次之,为1.79%,TTC、TCT、TCA、GGA、GCT、GAG重复类型间的SSR数相差不大;四、五、六核苷酸重复类型则很少。除五、六核苷酸重复类型外,其长度变化与其对应的重复类型碱基长度成反比;同种重复类型中,微卫星的长度与其对应的SSR数成反比。
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关 键 词: | 唐古特红景天 高通量测序 微卫星 |
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