| 整合转录组学数据的代谢网络研究进展 |
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| 引用本文： | 汪慧,丁德武,孙啸,谢建明. 整合转录组学数据的代谢网络研究进展[J]. 生物信息学, 2016, 14(3): 160-166 |
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| 作者姓名： | 汪慧 丁德武 孙啸 谢建明 |
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| 作者单位： | 东南大学生物科学与医学工程学院,南京 210096,东南大学生物科学与医学工程学院,南京 210096,东南大学生物科学与医学工程学院,南京 210096,东南大学生物科学与医学工程学院,南京 210096 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(61472078)。 |
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| 摘 要： | 高通量测序技术的快速发展催生了涵盖各层次细胞生命活动的组学数据,如转录组学数据、蛋白质组学数据和互作组学数据等。同时,全基因组代谢网络模型在不断完善和增多。整合组学数据,对生物细胞的代谢网络进行更深入的模拟分析成为目前微生物系统生物学研究的热点。目前整合转录组学数据进行全基因组代谢网络分析的方法主要以流量平衡分析(FBA)为基础,通过辨识不同条件下基因表达的变化,进而优化目标函数以得到相应的流量分布或代谢模型。本文对整合转录组学数据的FBA分析方法进行总结和比较,并详细阐述了不同方法的优缺点,为分析特定问题选择合适的方法提供参考。
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| 关 键 词： | 代谢网络 转录组学 流量平衡分析 算法 |
| 收稿时间： | 2016-04-18 |
| 修稿时间： | 2016-06-07 |
Development of integrating transcriptomic data into matebolic network analysis |
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| WANG Hui,DING Dewu,SUN Xiao and XIE Jianming. Development of integrating transcriptomic data into matebolic network analysis[J]. Chinese Journal of Bioinformatics, 2016, 14(3): 160-166 |
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| Authors: | WANG Hui DING Dewu SUN Xiao XIE Jianming |
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| Affiliation: | College of Biological Science and Medical Engineering,Southeast University,Nanjing 210096,China,College of Biological Science and Medical Engineering,Southeast University,Nanjing 210096,China,College of Biological Science and Medical Engineering,Southeast University,Nanjing 210096,China and College of Biological Science and Medical Engineering,Southeast University,Nanjing 210096,China |
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