| 基于转录组测序的大熊猫多态性微卫星标记筛选 |
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| 引用本文： | 涂洪梅,周闯,王冠楠,成美玲,岳碧松,孟杨.基于转录组测序的大熊猫多态性微卫星标记筛选[J].四川动物,2020,39(1):15-22. |
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| 作者姓名： | 涂洪梅 周闯 王冠楠 成美玲 岳碧松 孟杨 |
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| 作者单位： | 四川大学生命科学学院,生物资源与生态环境教育部重点实验室,成都610065;四川大学生命科学学院,生物资源与生态环境教育部重点实验室,成都610065;四川大学生命科学学院,生物资源与生态环境教育部重点实验室,成都610065;四川大学生命科学学院,生物资源与生态环境教育部重点实验室,成都610065;四川大学生命科学学院,生物资源与生态环境教育部重点实验室,成都610065;四川大学生命科学学院,生物资源与生态环境教育部重点实验室,成都610065 |
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| 基金项目： | 国家科技攻关项目(2016YFC0503200);国家自然科学基金项目(31702032) |
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| 摘 要： | 结合已公布的大熊猫Ailuropoda melanoleuca基因组和本实验室所测6只大熊猫的转录组数据,筛选多态性微卫星位点并分析其组成及特征。结果显示:共获得326个多态性微卫星位点,其中二碱基多态性微卫星最多,共228个,占69.93%;三、四、五、六碱基所占比例分别为9.51%、14.11%、5.21%、1.22%。根据分析结果中缺失率与标准差2项指标以及位点序列长度,选取20个多态性二碱基微卫星位点,用于25只大熊猫个体血液DNA进行PCR验证并做后续分析。结果表明:不同位点的等位基因数为2~8,平均等位基因数为3.70,观测杂合度、期望杂合度分别为0~1.000、0.280~0.784,平均值分别为0.472和0.532。在Bonferroni校正后,证实4个位点显著偏离哈迪-温伯格平衡,所有位点未观察到显著连锁不平衡(P>0.01)。20个位点多态信息含量(PIC)在0.246~0.734,其中具有高度多态性的位点9个(PIC>0.50),11个位点呈中度多态性(0.25
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| 关 键 词： | 大熊猫 基因组 转录组 多态性 微卫星标记 |
Development of Polymorphic Microsatellite Markers for Ailuropoda melanoleuca Based on RNA-Sequencing |
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| TU Hongmei,ZHOU Chuang,WANG Guannan,CHENG Meiling,YUE Bisong,MENG Yang.Development of Polymorphic Microsatellite Markers for Ailuropoda melanoleuca Based on RNA-Sequencing[J].Sichuan Journal of Zoology,2020,39(1):15-22. |
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| Authors: | TU Hongmei ZHOU Chuang WANG Guannan CHENG Meiling YUE Bisong MENG Yang |
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| Institution: | (Key Laboratory of Bio-Resource and Eco-Environment of Ministry of Education,College of Life Sciences,Sichuan University,Chengdu 610065,China) |
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