利用转录组数据分析高原鼢鼠和裸鼹鼠基因的趋同进化 |
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引用本文: | 邓小弓,王堃,张守栋,苏建平,张同作,林恭华.利用转录组数据分析高原鼢鼠和裸鼹鼠基因的趋同进化[J].兽类学报,2014(2). |
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作者姓名: | 邓小弓 王堃 张守栋 苏建平 张同作 林恭华 |
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作者单位: | 中国科学院西北高原生物研究所;中国科学院高原生物适应与进化重点实验室;中国科学院大学;兰州大学生命科学院;草地农业生态系统国家重点实验室; |
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基金项目: | 国家自然科学基金资助项目(31372197,31370405);中国科学院知识创新工程领域前沿项目(KSCX2-EW-J-26) |
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摘 要: | 地下鼠由于长期适应于地下洞道生活,在诸多生物学特征上都产生了一定的趋同进化现象,但目前尚未在分子水平分析其趋同进化特征。本研究利用高通量测序数据,从氨基酸位点变化和基因表达量水平,分析两种亲缘关系较远的地下鼠———高原鼢鼠和裸鼹鼠的趋同进化。氨基酸位点变化分析显示,两种地下鼠的54个基因都存在至少一个理论趋同进化位点,其中13个基因可以找到相对明确的表型功能注释。基因表达量分析显示,两种地下鼠在转录组水平的总体表达模式上存在趋同效应;有103个基因在两种地下鼠脑中的表达量是作为对照的地上鼠(小鼠、豚鼠)表达量的3倍以上,其中有20个基因可以找到相对明确的表型功能注释。本研究的结果表明,高原鼢鼠和裸鼹鼠为了适应地下生活方式,在氨基酸序列和基因表达量水平上都产生了一定程度的趋同进化。其中,低氧适应相关基因(氧运输、氧代谢、DNA修复等)是地下鼠进化适应的最重要组成部分,挖掘器官(尤其是肌肉)功能相关基因的重要性次之,能量代谢及平衡相关基因也是地下鼠适应性进化的关键要素。
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关 键 词: | 地下鼠 趋同进化 低氧适应 挖掘器官 能量代谢 |
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