| 2021年2月深圳市六株境外输入的SARS-CoV-2基因组特征分析 |
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| 引用本文： | 陈龙,房师松,梅树江,冯铁建,邹旋,彭博,孟君,孙颖,吕子全,许文波,赵翔,魏欣仪,李诗敏,朱灿,卢清菊,肖晓亮,夏俊杰,张仁利,何雅青.2021年2月深圳市六株境外输入的SARS-CoV-2基因组特征分析[J].病毒学报,2021,37(3):515-526. |
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| 作者姓名： | 陈龙 房师松 梅树江 冯铁建 邹旋 彭博 孟君 孙颖 吕子全 许文波 赵翔 魏欣仪 李诗敏 朱灿 卢清菊 肖晓亮 夏俊杰 张仁利 何雅青 |
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| 作者单位： | 深圳市疾病预防控制中心病原生物研究所,深圳518055;深圳市疾病预防控制中心传染病预防控制所,深圳518055;深圳市疾病预防控制中心,深圳518055;深圳市疾病预防控制中心分子流行病学研究室,深圳518055;中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所,北京102206 |
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| 摘 要： | 为了解深圳境外输入的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的遗传特征,本研究对2021年2月六株境外输入的SARS-CoV-2毒株进行了高通量测序与基因组序列分析.测序获得的六株SARS-CoV-2毒株基因组长度分别为29 450 nt、28 936 nt﹑28 875 nt、29 855 nt、29 146 nt 和29 528 nt.根据"Pango lineages"分型法,三个来自肯尼亚、南非和柬埔寨的毒株属于B.1.1.7系(VOC-202012/01),一个来自美国的毒株属于B.1.2系(美国谱系),两个来自南非和肯尼亚的毒株属于B.1.351系(20H/501Y.V2).与武汉毒株Wuhan-Hu-1(NC_045512.2)比较,B.1.1.7系毒株的刺突蛋白(S)中发现了多达10个氨基酸的变异,B.1.2系毒株的S蛋白仅发现一个氨基酸的变异,B.1.351系毒株的S蛋白中发现了多达11个氨基酸的变异.来自柬埔寨的一株B.1.1.7系毒株的S蛋白中发现了三个变异(H69S,V70I与Y144V)与另外两个B.1.1.7系毒株中的变异(H69del,V70del与Y144del)不同.六个毒株在ORF1b上都表现出了 P314L的变异,在S蛋白上都表现出了 D614G的变异.2021年2月深圳输入了传染性更强的B.1.1.7英国变异株和B.1.351南非变异株.境外输入的SARS-CoV-2变异株存在引起本地暴发与流行的风险,需持续对境外输入的SARS-CoV-2毒株进行分子监测.
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| 关 键 词： | SARS-CoV-2 B.1.1.7变异株 B.1.351变异株 境外输入 基因组测序 |
Genome Characterization of Six Imported SARS-CoV-2 Strains in Shenzhen,China,February 2021 |
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| CHEN Long,FANG Shisong,MEI Shujiang,FENG Tiejian,ZOU Xuan,PENG Bo,MENG Jun,SUN Ying,LYU Ziquan,XU Wenbo,ZHAO Xiang,WEI Xinyi,LI Shimin,ZHU Can,LU Qingju,XIAO Xiaoliang,XIA Junjie,ZHANG Renli,HE Yaqing.Genome Characterization of Six Imported SARS-CoV-2 Strains in Shenzhen,China,February 2021[J].Chinese Journal of Virology,2021,37(3):515-526. |
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| Authors: | CHEN Long FANG Shisong MEI Shujiang FENG Tiejian ZOU Xuan PENG Bo MENG Jun SUN Ying LYU Ziquan XU Wenbo ZHAO Xiang WEI Xinyi LI Shimin ZHU Can LU Qingju XIAO Xiaoliang XIA Junjie ZHANG Renli HE Yaqing |
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