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2013-2019年全国手足口病ECHO-9的分子流行病学研究
引用本文:司芬芬,卫海燕,关路媛,冀天娇,王东艳,张勇,祝双利,宋洋,韩振志,李俊含,许文波,严冬梅.2013-2019年全国手足口病ECHO-9的分子流行病学研究[J].病毒学报,2021,37(1):115-122.
作者姓名:司芬芬  卫海燕  关路媛  冀天娇  王东艳  张勇  祝双利  宋洋  韩振志  李俊含  许文波  严冬梅
作者单位:国家脊髓灰质炎实验室,世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室,国家卫生健康委员会生物安全重点实验室,国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室,中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所,北京102206;河南省疾病预防控制中心,郑州450016;陕西省疾病预防控制中心,西安710054;国家脊髓灰质炎实验室,世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室,国家卫生健康委员会生物安全重点实验室,国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室,中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所,北京102206;国家脊髓灰质炎实验室,世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室,国家卫生健康委员会生物安全重点实验室,国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室,中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所,北京102206;国家脊髓灰质炎实验室,世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室,国家卫生健康委员会生物安全重点实验室,国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室,中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所,北京102206;中国科学院生物安全大科学研究中心,武汉430000;国家脊髓灰质炎实验室,世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室,国家卫生健康委员会生物安全重点实验室,国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室,中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所,北京102206;国家脊髓灰质炎实验室,世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室,国家卫生健康委员会生物安全重点实验室,国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室,中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所,北京102206;国家脊髓灰质炎实验室,世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室,国家卫生健康委员会生物安全重点实验室,国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室,中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所,北京102206;国家脊髓灰质炎实验室,世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室,国家卫生健康委员会生物安全重点实验室,国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室,中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所,北京102206;国家脊髓灰质炎实验室,世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室,国家卫生健康委员会生物安全重点实验室,国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室,中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所,北京102206;中国科学院生物安全大科学研究中心,武汉430000;国家脊髓灰质炎实验室,世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室,国家卫生健康委员会生物安全重点实验室,国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室,中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所,北京102206
基金项目:艾滋病、肝炎等传染病防治"十三五"国家科技重大专项;艾滋病、肝炎等传染病防治"十三五"科技重大专项;题目:基于全基因组的病毒网络化监测和溯源技术体系研究;题目:病毒性传染病病原谱和病毒基因变异变迁规律研究;题目:病毒感染高通量快速检测与应急筛检技术研究
摘    要:埃可病毒9型(Echovirus 9,ECHO-9)是引起无菌性脑膜炎(Aseptic meningitis,AM)和手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)暴发流行的重要病原体,但目前全球关于ECHO-9分子流行病学研究仍比较匮乏,ECHO-9基于VP1全长的基因分型结果尚未明确。本研究依托国家HFMD监测网络,2013-2019年在中国大陆共分离到15株ECHO-9毒株,对其进行VP1区全长序列测定和分析,并与GenBank中下载的全部112条ECHO-9VP1区全长序列共同构建系统发育进化树。结果显示,全球ECHO-9分为A-G七个基因型,其中C、D和F基因型可被进一步划分为C1-C2,D1-D4和F1-F2基因亚型。各洲之间优势基因型别有显著差异,亚洲和欧洲分别以D和C基因型为绝对优势基因型。中国大陆ECHO-9优势基因型别为D基因型,但其优势基因亚型随时间推移有明显转变。2000-2005年,中国大陆ECHO-9全部为D1基因亚型,2006年开始出现D1、D2和D3基因亚型的共同流行,2010年后D1和D2基因亚型消失,D3成为中国大陆绝对优势基因型别。本研究测定的15株ECHO-9分离自2013-2019年,其中14株属于D3基因亚型,1株江西ECHO-9为C2基因亚型,推测其可能来源于境外。本研究建立了全球ECHO-9基于VP1全长的基因分型方法,揭示了ECHO-9在全国及全球范围的分子流行特征。

关 键 词:埃可病毒9型(ECHO-9)  无菌性脑膜炎(AM)  手足口病(HFMD)  基因分型  分子流行病学

Molecular Epidemiological Study of ECHO-9 Associated with Hand,Foot,and Mouth Disease in China,2013-2019
SI Fenfen,WEI Haiyan,GUAN Luyuan,JI Tianjiao,WANG Dongyan,ZHANG Yong,ZHU Shuangli,SONG Yang,HAN Zhenzhi,LI Junhan,XU Wenbo,YAN Dongmei.Molecular Epidemiological Study of ECHO-9 Associated with Hand,Foot,and Mouth Disease in China,2013-2019[J].Chinese Journal of Virology,2021,37(1):115-122.
Authors:SI Fenfen  WEI Haiyan  GUAN Luyuan  JI Tianjiao  WANG Dongyan  ZHANG Yong  ZHU Shuangli  SONG Yang  HAN Zhenzhi  LI Junhan  XU Wenbo  YAN Dongmei
Institution:(National Polio Laboratory,WHO WPRO Regional Polio Reference Laboratory,National Health Commission Key Laboratory for Biosecurity,National Health Commission Key Laboratory for Medical Virology,National Institute for Viral Disease Control and Prevention,Chinese Center for Disease Control and Prevention,Beijing 102206,China;Henan Center for Disease Control and Prevention,Zhengzhou 450016,China;Shaanxi Center for Disease Control and Prevention,Xi'an 710054,China;Center for Biosafety Mega-Science,Chinese Academy of Sciences,WwAaw 430000,China)
Abstract:Echovirus 9(ECHO-9)is an important pathogen which can cause outbreaks of aseptic meningitis(AM)and hand,foot,and mouth disease(HFMD).However,the molecular epidemiology of ECHO-9 is incompletely understood.Also,the genotyping results of ECHO-9 based on the full-length of VP1 are not clear.Based on the National HFMD pathogen surveillance system in China,a total of fifteen ECHO-9 isolates were achieved during 2013-2019,all isolates were subjected to sequencing of the VP1 region and sequences analysis.All ECHO-9 full-length VP1 gene sequences were downloaded from GenBank.Construction of phylogenetic tree was based on the complete VP1 nucleotide sequence of 127 ECHO-9 strains.Results showed that ECHO-9 could be categorized into seven genotypes:A–G.Genotypes C,D,F could be further subdivided into C1–C2,D1–D4 and F1–F2.There were significant differences in the dominant genotypes among different continents.Genotypes D and C were the dominant genes in Asia and Europe,respectively.The dominant genotype of ECHO-9 in the China′s mainland was genotype D,but the dominant gene subtype changed over time.During 2000–2005,all ECHO-9 strains in the China′s mainland were sub-genotype D1.After 2006,sub-genotypes D1,D2 and D3 were common.After 2010,sub-genotypes D1 and D2 disappeared,and D3 became the dominant genotype in the China′s mainland.The fifteen strains of ECHO-9 detected in our study were isolated from 2013 to 2019.Fourteen of them belonged to genotype D3,and one Jiangxi ECHO-9 isolate belonged to genotype C2 which was speculated to be an imported case.In this study,we established the genotyping results of global ECHO-9 based on the full length of VP1,and revealed the molecular epidemiological characteristics of ECHO-9 in China and worldwide.
Keywords:Echovirus 9(ECHO-9)  Aseptic meningitis(AM)  Hand  foot  and mouth disease(HFMD)  Genotyping  Molecular epidemiology
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