| 贝叶斯一致性分析法在全基因组系统发生树分析上的应用 |
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| 引用本文： | 章祎胤,徐福意,戚礼兴,李凯,周宇荀,肖君华. 贝叶斯一致性分析法在全基因组系统发生树分析上的应用[J]. 动物学杂志, 2015, 50(3): 470-476 |
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| 作者姓名： | 章祎胤 徐福意 戚礼兴 李凯 周宇荀 肖君华 |
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| 作者单位： | 东华大学化学化工与生物工程学院 上海201620 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目（面上项目，重点项目，重大项目） |
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| 摘 要： | 构建系统发生树时,其拓扑结构会在不同的基因组区域产生不一致性。对此问题,贝叶斯一致性分析法(BCA)可在全基因组规模上进行系统发生树分析,并进而对不一致性信息进行量化统计。采用此方法对由C3H/Hu小鼠(Mus musculus)和129Sv小鼠回交多代产生的129S1小鼠进行系统发生树分析,输入相应的一组序列文件,用若干生物信息学软件(如VCFtools,Repeat Masker,PAUP*4.0,Mr Model Test,Mr Bayes等)对其进行屏蔽重复序列、序列比对等处理,辅以Perl语言脚本,最终得到全基因组范围不同区段系统发生树不一致信息。在小鼠10号染色体的所有99个基因座中,支持129S1和129Sv品系小鼠为姐妹关系的拓扑结构占了84.7%(后验概率最高),这证明了C3H/Hu小鼠对129S1小鼠基因组的贡献程度较小。结果表明,贝叶斯一致性分析法有助于基因组不同区段进化历史的研究。
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| 关 键 词： | 贝叶斯一致性分析法 系统发生树 小鼠基因组 |
| 收稿时间： | 2014-08-28 |
| 修稿时间： | 2015-04-21 |
Phylogenetic Analysis across Whole Genome Using the Method of Bayesian Concordance Analysis |
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| ZHANG Yi-Yin,XU Fu-Yi,QI Li-Xing,LI Kai,ZHOU Yu-Xun and XIAO Jun-Hua. Phylogenetic Analysis across Whole Genome Using the Method of Bayesian Concordance Analysis[J]. Chinese Journal of Zoology, 2015, 50(3): 470-476 |
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| Authors: | ZHANG Yi-Yin XU Fu-Yi QI Li-Xing LI Kai ZHOU Yu-Xun XIAO Jun-Hua |
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| Affiliation: | Donghua University,Donghua University,Donghua University,Donghua University |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Bayesian Concordance Analysis Phylogenetic analysis Mouse genome Bioinformatics |
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