| 原始小球藻AP2转录因子的生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 付 春,唐 易,江 纳,杨瑶君. 原始小球藻AP2转录因子的生物信息学分析[J]. 广西植物, 2020, 40(12): 1800-1815 |
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| 作者姓名： | 付 春 唐 易 江 纳 杨瑶君 |
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| 作者单位： | 1. 竹类病虫防控与资源开发四川省重点实验室 乐山师范学院, 四川 乐山 614000; 2. 乐山师范学院 生命科学学院, 四川 乐山 614000; 3. 乐山师范学院 数学与信息科学学院, 四川 乐山 614000 |
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| 基金项目： | 四川省科技厅项目(17ZZ019); 乐山市科技局重点研究项目(18JZD101); 乐山师范学院人才启动项目(XJR17005)[Supported by Sichuan Provincial Science and Technology Department Program(17ZZ019); Key Research Program of Leshan Municipal Science and Technology Bureau(18JZD101); Leshan Normal University Talent Launch Program(XJR17005)]。 |
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| 摘 要： | 为了揭示原始小球藻AP2基因家族编码蛋白的理化特性、分子功能和遗传进化特征,该文对原始小球藻AP2基因家族的蛋白成员进行了详细的生物信息学预测和分析,并利用PrtoParam、Pfam 3.20、Protscale等在线工具分析了原始小球藻AP2家族所包含的8个蛋白成员。结果表明:该家族成员含有的氨基酸数为247(XP_011395646.1)到715(XP_011401904.1),理论等电点最大为9.39(XP_011396011.1)、最小为5.81(XP_011398158.1); 家族中各个成员所含有的保守结构域的位置和数量都各不相同; 所有蛋白成员均无信号肽,均不包含跨膜螺旋,不具有跨膜区域; 蛋白成员中最大亲水性值为-3.222(XP_011398158.1),最大疏水性值为2.333(XP_011401904.1),且所有成员的平均亲疏水性值均小于0; 成员中有多个磷酸化位点值远超标准值0.5,最大磷酸化位点值为0.998; 该基因家族的蛋白成员二级结构的组分含量从大到小排序均为无规则卷曲>α-螺旋>延伸链>β-转角,推测α-螺旋和无规则卷曲是其二级结构的主要方式,延伸链和β-转角则分散在所有蛋白成员的氨基酸链中; 所有成员的三级结构分析中均能观察到α-螺旋、β-折叠、β-转角以及N端和C端; 系统进化分析结果表明,在其余15个物种中,与原始小球藻亲缘关系最远的是金牛介球菌(Ostreococcus tauri),亲缘关系最接近的是小球藻(Chlorella variabilis NC64A)和螺旋孢子虫(Helicosporidium),较接近的是苦参3号(Picochlorum sp. SENEW3)。该研究较系统地分析了原始小球藻AP2蛋白家族的理化特性、保守基序及系统进化关系,为进一步研究原始小球藻AP2转录因子功能和互作关系提供一定参考依据。
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| 关 键 词： | 原始小球藻 AP2转录因子 生物信息学 |
| 收稿时间： | 2020-03-10 |
Bioinformatics analysis of AP2 transcription factor in Auxenochlorella protothecoides |
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| FU Chun,TANG Yi,JIANG N,YANG Yaojun. Bioinformatics analysis of AP2 transcription factor in Auxenochlorella protothecoides[J]. Guihaia, 2020, 40(12): 1800-1815 |
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| Authors: | FU Chun TANG Yi JIANG N YANG Yaojun |
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| Affiliation: | 1. Bamboo Diseases and Pests Control and Resources Development Key Laboratory of Sichuan Province, Leshan Normal University,Leshan 614000, Sichuan, China; 2. College of Life Sciences, Leshan Normal University, Leshan 614000, Sichuan, China; 3. College of Mathematics and Information Science, Leshan Normal University, Leshan 614000, Sichuan, China |
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| Abstract: | |
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