| 基于Z曲线方法重新注释脑膜炎奈瑟菌MC58株基因组 |
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| 引用本文： | 魏闻,郭锋彪,吴映辉.基于Z曲线方法重新注释脑膜炎奈瑟菌MC58株基因组[J].生物物理学报,2011(6). |
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| 作者姓名： | 魏闻 郭锋彪 吴映辉 |
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| 作者单位： | 电子科技大学生命科学与技术学院; |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(31071109,60801058); 电子科技大学“中央高校基本科研业务费”资助(ZYGX2009J082)~~ |
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| 摘 要： | 已测序的微生物基因组中包含的注释开放阅读框(open reading frames,ORFs)可以分为两大类:第一类对应于功能已知的蛋白质编码基因;第二类则为功能未知的假设ORFs,其中通常有一部分实际上不编码蛋白质。采用基于Z曲线的方法从属于第一类的功能已知基因出发训练参数,进而确定第二类ORFs中非编码的部分。通过支持向量机的学习及分类,结果显示十重交叉检验平均正确率为98.45%,说明Z曲线联合支持向量机是一种高度准确的基因识别方法。最终,确定216个假设ORFs实际上不编码蛋白质。通过采用Blastp进行序列比对,保留的假设ORFs中有341个在高可靠性的条件下获得了功能信息。根据蛋白质直系同源簇方法进行功能分类,分别有30、53、59和159个新注释的假设ORFs属于信息储存和加工类、细胞加工和信号传递类、新陈代谢类和特征不明显类。另外还有70个不属于其中的任何一类。注释结果比RefSeq及GenBank提供的原注释更加准确,更加完整。
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| 关 键 词： | 脑膜炎奈瑟菌MC58株 基因组重注释 21变量Z曲线 支持向量机 |
Reannotation of ORFs in Neisseria meningitidis MC58 Based on Z Curve Method |
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| WEI Wen,GUO Fengbiao,WU Yinghui School of Life Science , Technology,University of Electronic Science , Technology of China,Chengdu ,China.Reannotation of ORFs in Neisseria meningitidis MC58 Based on Z Curve Method[J].Acta Biophysica Sinica,2011(6). |
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| Authors: | WEI Wen GUO Fengbiao WU Yinghui School of Life Science Technology University of Electronic Science Technology of China Chengdu China |
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| Institution: | WEI Wen,GUO Fengbiao,WU Yinghui School of Life Science and Technology,University of Electronic Science and Technology of China,Chengdu 610054,China |
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| Abstract: | Annotated ORFs in microbial genomes could be usually categorized into two groups: the first group corresponds to known genes;whereas the second one includes unknown-function ORFs.Because the annotation is not always accurate,it is necessary and important to confirm which ORF of the latter group is genuine gene and which is not.Starting from known genes in the former group,the authors used the combination of 21 Z curve variables and SVM to re-predict coding potentials of ORFs contained in the latter group.Te... |
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| Keywords: | Neisseria meningitides MC58 Genome reannotation 21 Z curve parameters Support vector machine |
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