基于保守序列挖掘的乙型肝炎病毒进化研究 |
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引用本文: | 马磊,易青青,张琪,贺建峰.基于保守序列挖掘的乙型肝炎病毒进化研究[J].病毒学报,2014(1). |
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作者姓名: | 马磊 易青青 张琪 贺建峰 |
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作者单位: | 昆明理工大学信息工程与自动化学院生物医学工程研究所; |
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基金项目: | 国家自然科学基金(No.11265007);云南省基础应用研究基金(No.2009Zc049M);云南省教育厅科学研究基金(No.2012Y551) |
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摘 要: | 乙型肝炎是一种十分严重的全球性传染疾病,乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)是导致乙型肝炎的直接原因。而HBV突变是乙肝病毒进化过程中的一个重要部分,近几年,国内外针对HBV突变进行了广泛研究。但是,对乙肝病毒序列中保守序列的研究为仍处于起步阶段。本文首先采用MEME(Multiple EM for motif elicitation)算法挖掘HBV基序(生物序列中的保守序列片段,即Motif),并提出了一种新的度量标准保守指数(Conserved index,CI),然后对HBV序列进行系统发育分析,最后对构建的系统发育树进行可靠性评价。结果表明,新的度量标准CI可以有效地利用MEME方法挖掘出多个保守序列,进行HBV序列的系统发育树构建,进而分析HBV序列之间的进化关系,并可以找出样本可能的祖先序列。本文的实验方法对HBV大数据集分析方法的研究有积极地启示作用。
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关 键 词: | 基序挖掘 乙型肝炎病毒 系统发育树 保守指数 可靠性评价 |
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