| 鸟胞内分枝杆菌mmpL11同源基因序列分析及功能预测 |
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| 引用本文： | 王文靖,孙妍,王心倩,余晓丽. 鸟胞内分枝杆菌mmpL11同源基因序列分析及功能预测[J]. 生物信息学, 2016, 14(1): 7-12 |
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| 作者姓名： | 王文靖 孙妍 王心倩 余晓丽 |
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| 作者单位： | 南阳市第二中学,河南 南阳 473000,武汉轻工大学生物与制药工程学院,武汉 430023,武汉轻工大学生物与制药工程学院,武汉 430023,武汉轻工大学生物与制药工程学院,武汉 430023 |
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| 基金项目： | 武汉轻工大学研究生创新基金项目(2014cx019)。 |
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| 摘 要： | 以非结核分枝杆菌中的胞分枝杆菌、鸟分枝杆菌两个标准株为研究对象,以耻垢分枝杆菌mc2 155和结核分枝杆菌H37Rv为对照,对其mmpL11同源基因进行序列分析,并对其蛋白质进行结构及功能预测,为后期的抗酸染色阳性菌诊断,药物靶标的筛选提供理论基础。根据同源比对找到两个标准株的mmpL11同源基因;应用expasy工具预测Mmp L11同源蛋白理化性质;蛋白质信号肽预测采用SignalP在线软件进行预测;使用TMHMM在线工具进行拓扑结构预测;利用Interproscan工具对蛋白保守序列和功能进行预测;使用SSpro对蛋白二级结构进行预测。OCU48920蛋白的理化性质分析显示:其氨基酸个数为1 018,分子量为108.4 k D,理论等电点为7.61,疏水指数为0.227;MAP3637c蛋白的理化性质分析显示:其氨基酸个数为1007,分子量为107.2 k D,理论等电点为8.59,疏水指数为0.231。信号肽预测发现两个标准株的Mmp L11均不存在信号肽切割位点,未发现信号肽存在。跨膜预测发现其跨膜次数分别为12和12肽链,N端均在膜内,二级结构以α-螺旋和β-片层为主。保守序列预测发现两个标准株的Mmp L11蛋白均有两个MMPL跨膜结构域,一个固醇敏感多肽区。OCU48920、MAP3637c为H37Rv的Mmp L11同源蛋白,推测其功能同Mmp L11相似,是分枝菌酸的转运蛋白,参与胞内小分子的运输和信号转导。
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| 关 键 词： | 非结核分枝杆菌 MmpL11 序列分析 功能预测 |
| 收稿时间： | 2015-11-12 |
| 修稿时间： | 2015-12-15 |
Sequence analysis and function prediction of Mycobacterium aviumintracellulare mmpL11gene |
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| WANG Wenjing,SUN Yan,WANG Xinqian and YU Xiaoli. Sequence analysis and function prediction of Mycobacterium aviumintracellulare mmpL11gene[J]. Chinese Journal of Bioinformatics, 2016, 14(1): 7-12 |
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| Authors: | WANG Wenjing SUN Yan WANG Xinqian YU Xiaoli |
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| Affiliation: | The Second Middle School Nanyang, Nanyang 473000, China,School of Biology and Pharmaceutical Engineering, Wuhan Polytechnic University, Wuhan 430023, China,School of Biology and Pharmaceutical Engineering, Wuhan Polytechnic University, Wuhan 430023, China and School of Biology and Pharmaceutical Engineering, Wuhan Polytechnic University, Wuhan 430023, China |
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| Abstract: | |
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