| 肺炎克雷伯菌质粒p1512-KPC的测序及比较基因组学分析 |
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| 引用本文： | 蒋昭芳,赵亚超,李曼莉,周冬生,朱天川,谭小艳,童贻刚,龙军. 肺炎克雷伯菌质粒p1512-KPC的测序及比较基因组学分析[J]. 微生物学报, 2019, 59(2): 349-363 |
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| 作者姓名： | 蒋昭芳 赵亚超 李曼莉 周冬生 朱天川 谭小艳 童贻刚 龙军 |
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| 作者单位： | 南方医科大学珠江医院, 广东 广州 510630,军事科学院军事医学研究院微生物流行病研究所, 病原微生物生物安全国家重点实验室, 北京 100071,军事科学院军事医学研究院微生物流行病研究所, 病原微生物生物安全国家重点实验室, 北京 100071,军事科学院军事医学研究院微生物流行病研究所, 病原微生物生物安全国家重点实验室, 北京 100071,南方医科大学珠江医院, 广东 广州 510630,南方医科大学珠江医院, 广东 广州 510630,军事科学院军事医学研究院微生物流行病研究所, 病原微生物生物安全国家重点实验室, 北京 100071,南方医科大学珠江医院, 广东 广州 510630 |
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| 基金项目： | 广东省省级科技计划项目（2016A020219005） |
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| 摘 要： | 【目的】对多重耐药的肺炎克雷伯菌1512中的质粒p1512-KPC进行测序及比较基因组学的分析。【方法】利用16S rRNA基因测序进行菌种鉴定,根据7对管家基因(gapA、infB、mdh、pgi、phoE、rpoB和tonB)对菌株进行多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)。利用PCR进行耐药基因的筛查,通过接合转移实验及电转化实验将质粒转入受体菌大肠杆菌EC600。采用改良Carba NP法检测细菌碳青霉烯酶的活性以及类型,使用VITEK2Compact全自动细菌鉴定及药敏分析仪检测菌株最小抑菌浓度(Minimum inhibitory concentration,MIC)。最后通过高通量测序技术结合生物信息分析手段明确菌株1512及质粒p1512-KPC的耐药基因谱,并通过比较基因组方法对质粒p1512-KPC的基本结构、耐药基因遗传环境及移动元件等结构基因组学特征进行分析。【结果】菌株1512为产A类碳青霉烯酶的多重耐药肺炎克雷伯菌,MLST分型结果显示该菌为ST11型。经PCR筛查,菌株1512包含bla_(KPC-2)、dfrA1和sul1耐药基因,其中bla_(KPC-2)基因位于不可结合转移但电转成功的质粒p1512-KPC上。测序结果显示,质粒p1512-KPC长度为117.69 kb,同时包含IncFII型复制子和属于Rep_3家族但类型未知的复制子repB,并携带耐药基因bla_(KPC-2)、bla_(CTX-M-65)、bla_(TEM-1)及rmtB。其中bla_(KPC-2)、bla_(CTX-M-65)及bla_(TEM-1)分别存在于截短的Tn6296、Tn6367及截短的Tn2的基因环境中。【结论】携带bla_(KPC-2)、bla_(CTX-M-65)、bla_(TEM-1)及rmtB基因的质粒p1512-KPC介导了肺炎克雷伯菌1512对青霉素类、头孢菌素类、碳青霉烯类、单环β-内酰胺类及氨基糖苷类抗生素耐药,并能引起相应耐药基因的水平传播。此外,本研究还对IncFII型复制子和Rep_3家族复制子repB共存的质粒进行了比较基因组分析,为该类型质粒的多样性和进化提供了更深入的理解。
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| 关 键 词： | 肺炎克雷伯菌 p1512-KPC 碳青霉烯酶 blaKPC-2 |
| 收稿时间： | 2018-04-15 |
| 修稿时间： | 2018-06-25 |
Sequencing and comparative genomics analysis of Klebsiella pneumoniae plasmid p1512-KPC |
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| Zhaofang Jiang,Yachao Zhao,Manli Li,Dongsheng Zhou,Tianchuan Zhu,Xiaoyan Tan,Yigang Tong and Jun Long. Sequencing and comparative genomics analysis of Klebsiella pneumoniae plasmid p1512-KPC[J]. Acta microbiologica Sinica, 2019, 59(2): 349-363 |
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| Authors: | Zhaofang Jiang Yachao Zhao Manli Li Dongsheng Zhou Tianchuan Zhu Xiaoyan Tan Yigang Tong Jun Long |
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| Affiliation: | Zhujiang Hospital, Southern Medical University, Guangzhou 510630, Guangdong Province, China,State Key Laboratory of Pathogen and Biosecurity, Beijing Institute of Microbiology and Epidemiology, Beijing 100071, China,State Key Laboratory of Pathogen and Biosecurity, Beijing Institute of Microbiology and Epidemiology, Beijing 100071, China,State Key Laboratory of Pathogen and Biosecurity, Beijing Institute of Microbiology and Epidemiology, Beijing 100071, China,Zhujiang Hospital, Southern Medical University, Guangzhou 510630, Guangdong Province, China,Zhujiang Hospital, Southern Medical University, Guangzhou 510630, Guangdong Province, China,State Key Laboratory of Pathogen and Biosecurity, Beijing Institute of Microbiology and Epidemiology, Beijing 100071, China and Zhujiang Hospital, Southern Medical University, Guangzhou 510630, Guangdong Province, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Klebsiella pneumoniae p1512-KPC carbapenemase blaKPC-2 |
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