| 染色质互作相关转录因子的挖掘及功能分析 |
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| 引用本文： | 王琪,丁砚书,耿宝宝,聂玉敏. 染色质互作相关转录因子的挖掘及功能分析[J]. 生物化学与生物物理进展, 2019, 46(4): 406-414 |
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| 作者姓名： | 王琪 丁砚书 耿宝宝 聂玉敏 |
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| 作者单位： | 南京医科大学生物医学工程与信息学院，生物信息学系，南京 210029,南京医科大学生物医学工程与信息学院，生物信息学系，南京 210029,南京医科大学生物医学工程与信息学院，生物信息学系，南京 210029,南京医科大学生物医学工程与信息学院，生物信息学系，南京 210029 |
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| 基金项目： | 江苏省自然科学基金青年基金项目（BK20161026），江苏省高校自然科学研究面上项目（16KJB180022）和南京医科大学科技发展基金重点项目（2015NJMUZD003）资助. |
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| 摘 要： | 染色质互作是真核生物基因组组装的基础,并且在调控真核基因细胞特异性表达中发挥重要作用.染色质互作的发生与特定的蛋白质有关,目前已经发现CTCF (CCCTC binding facor,转录阻抑物)和黏连蛋白与染色质互作相关,然而并不清楚是否还有其他蛋白质参与染色质互作.我们将整合高通量染色体构象捕获(Hi-C)和染色质免疫沉淀-测序(ChIP-seq)数据,在GM12878和K562细胞系中挖掘与染色质互作相关的转录因子,并对发现的转录因子做功能分析.我们在频繁发生互作的染色质位点中发现RUNX3、SPI1等转录因子也可能参与染色质互作.另外,通过FP-growth的数据挖掘方法还发现多个转录因子可能协同作用参与染色质互作.研究结果将为染色质互作相关实验的开展提供先验知识.
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| 关 键 词： | 染色质互作 转录因子 FP-growth Hi-C |
| 收稿时间： | 2018-11-23 |
| 修稿时间： | 2019-02-20 |
Mining and Functional Analysis of Chromatin Interaction-related Transcription Factors |
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| WANG Qi,DING Yan-Shu,GENG Bao-Bao and NIE Yu-Min. Mining and Functional Analysis of Chromatin Interaction-related Transcription Factors[J]. Progress In Biochemistry and Biophysics, 2019, 46(4): 406-414 |
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| Authors: | WANG Qi DING Yan-Shu GENG Bao-Bao NIE Yu-Min |
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| Affiliation: | Department of Bioinformatics, School of Biomedical Engineering and Informatics, Nanjing Medical University, Nanjing 210029, China,Department of Bioinformatics, School of Biomedical Engineering and Informatics, Nanjing Medical University, Nanjing 210029, China,Department of Bioinformatics, School of Biomedical Engineering and Informatics, Nanjing Medical University, Nanjing 210029, China,Department of Bioinformatics, School of Biomedical Engineering and Informatics, Nanjing Medical University, Nanjing 210029, China |
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