| 基于具有多茎环特征GA-SVM的人类pre-miRNA的预测研究 |
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| 引用本文： | 熊大鹏,刘蓉杰,胡凯,谭艳平,张园,唐广宇,曾寅.基于具有多茎环特征GA-SVM的人类pre-miRNA的预测研究[J].中国生物化学与分子生物学报,2011,27(12):1173-1178. |
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| 作者姓名： | 熊大鹏 刘蓉杰 胡凯 谭艳平 张园 唐广宇 曾寅 |
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| 作者单位： | 湘潭大学信息工程学院; |
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| 摘 要： | MicroRNA（miRNA）是一类长度约为21 nt的非编码RNA，在动植物中发挥着重要而广泛的转录后调控作用. 现有的计算预测方法通常不能很好地识别具有多分枝茎环二级结构的pre miRNA.为进一步提高对pre miRNA的预测精度,本文在以往研究的基础上,新引用了一类多茎环生物学特征，将遗传算法（GA）与支持向量机（SVM）结合以进行特征选择，同时优化SVM分类器模型参数（c,g），并对数据集的不平衡性进行处理，构造出新的分类器.本文采用人类pre miRNA作为研究数据集，通过5折交叉验证，实验结果显示，新的分类器能够有效地提高预测精度.
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| 关 键 词： | pre-miRNA 多分枝茎环结构 计算预测 遗传算法（GA） 支持向量机（SVM） |
| 收稿时间： | 2011-09-09 |
Prediction of Human Pre-miRNAs Based on GA-SVM with Multiple Stem and Loop Features |
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| XIONG Da-Peng,LIU Rong-Jie,HU Kai,TAN Yan-Ping,ZHANG Yuan,TANG Guang-Yu,ZENG Yin.Prediction of Human Pre-miRNAs Based on GA-SVM with Multiple Stem and Loop Features[J].Chinese Journal of Biochemistry and Molecular Biology,2011,27(12):1173-1178. |
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| Authors: | XIONG Da-Peng LIU Rong-Jie HU Kai TAN Yan-Ping ZHANG Yuan TANG Guang-Yu ZENG Yin |
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| Institution: | XIONG Da-Peng,LIU Rong-Jie,HU Kai,TAN Yan-Ping,ZHANG Yuan,TANG Guang-Yu,ZENG Yin(Cellege of Information Engineering,Xiangtan University,Xiangtan 411105,Hunan,China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | pre-miRNAs secondary structure with multi-branched stems and loops computational prediction genetic algorithm(GA) support vector machine(SVM) |
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