| 一个肝癌相关长链非编码RNA的克隆及序列分析 |
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| 作者姓名： | 唐珂 魏芳 孛昊 黄宏斌 张文玲 龚朝建 李夏雨 宋亚莉 廖前进 彭淑平 向娟娟 周鸣 马健 李小玲 熊炜 李勇 曾朝阳 李桂源 |
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| 作者单位： | 中南大学湘雅医学院附属肿瘤医院,湖南省肿瘤医院,长沙 410013;中南大学肿瘤研究所,卫生部癌变原理重点实验室及教育部癌变与侵袭原理重点实验室,长沙 410078,中南大学肿瘤研究所,卫生部癌变原理重点实验室及教育部癌变与侵袭原理重点实验室,长沙 410078,中南大学肿瘤研究所,卫生部癌变原理重点实验室及教育部癌变与侵袭原理重点实验室,长沙 410078,中南大学肿瘤研究所,卫生部癌变原理重点实验室及教育部癌变与侵袭原理重点实验室,长沙 410078;国防科技大学信息系统工程重点实验室,长沙 410073,中南大学肿瘤研究所,卫生部癌变原理重点实验室及教育部癌变与侵袭原理重点实验室,长沙 410078,中南大学肿瘤研究所,卫生部癌变原理重点实验室及教育部癌变与侵袭原理重点实验室,长沙 410078,中南大学湘雅三医院疾病基因组研究中心,湖南省非可控性炎症与肿瘤重点实验室,长沙 410013,中南大学肿瘤研究所,卫生部癌变原理重点实验室及教育部癌变与侵袭原理重点实验室,长沙 410078,中南大学湘雅医学院附属肿瘤医院,湖南省肿瘤医院,长沙 410013,中南大学肿瘤研究所,卫生部癌变原理重点实验室及教育部癌变与侵袭原理重点实验室,长沙 410078,中南大学肿瘤研究所,卫生部癌变原理重点实验室及教育部癌变与侵袭原理重点实验室,长沙 410078,中南大学肿瘤研究所,卫生部癌变原理重点实验室及教育部癌变与侵袭原理重点实验室,长沙 410078,中南大学肿瘤研究所,卫生部癌变原理重点实验室及教育部癌变与侵袭原理重点实验室,长沙 410078,中南大学肿瘤研究所,卫生部癌变原理重点实验室及教育部癌变与侵袭原理重点实验室,长沙 410078,中南大学湘雅医学院附属肿瘤医院,湖南省肿瘤医院,长沙 410013;中南大学肿瘤研究所,卫生部癌变原理重点实验室及教育部癌变与侵袭原理重点实验室,长沙 410078; 中南大学湘雅三医院疾病基因组研究中心,湖南省非可控性炎症与肿瘤重点实验室,长沙 410013,Department of Biochemistry and Molecular Biology, Center for Genetics and Molecular Medicine, School of Medicine,University of Louisville, Louisville, KY 40202, USA,中南大学湘雅医学院附属肿瘤医院,湖南省肿瘤医院,长沙 410013;中南大学肿瘤研究所,卫生部癌变原理重点实验室及教育部癌变与侵袭原理重点实验室,长沙 410078; 中南大学湘雅三医院疾病基因组研究中心,湖南省非可控性炎症与肿瘤重点实验室,长沙 410013,中南大学湘雅医学院附属肿瘤医院,湖南省肿瘤医院,长沙 410013;中南大学肿瘤研究所,卫生部癌变原理重点实验室及教育部癌变与侵袭原理重点实验室,长沙 410078; 中南大学湘雅三医院疾病基因组研究中心,湖南省非可控性炎症与肿瘤重点实验室,长沙 410013 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(81372907, 81172189, 81171930, 81272298, 81272255和91229122), 湖南省自然科学基金(14JJ1010), 霍英东高校青年教师基金(121036), 中央高校基本科研业务费专项基金(2011JQ020)及中南大学博士后科学基金资助项目 |
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| 摘 要： | 最近我们利用新一代测序(next generation sequencing,NGS)技术对肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者活检标本及正常对照肝组织样品进行高通量RNA测序(RNA-sequencing,RNA-Seq),在肝癌样品中染色体11q13.1区域检测到几个相邻的RNA-Seq信号峰,而在正常对照组织中没有检测到,且该染色体区域目前尚无已知基因登录,提示这几个RNA-Seq峰可能代表一个或多个未知的新基因.以此为线索,证实这几个RNA-Seq峰来自同一个新基因,并克隆了该基因全长序列,在克隆该基因全长序列时,发现该基因编码的RNA存在多种剪接形式,最长的转录本为3 562 bp.将该基因编码的12条代表性RNA转录本序列递交到美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)的GenBank数据库中,GenBank ID号分别为KC136297~KC136308.该基因编码的RNA没有发现明显的开放阅读框(open reading fragment,ORF),提示该基因可能编码长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA).为了探讨该lncRNA基因可能的转录调控机制,我们用生物信息学方法预测了该lncRNA基因潜在启动子区域,发现在其转录起始位点上游-719~-469 bp处有一个潜在的启动子,其中包含7个Sp1、1个STAT5和1个EGR1转录因子结合位点.该lncRNA在肝细胞癌发生发展过程中的作用机制值得进一步深入研究.
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| 关 键 词： | 长链非编码RNA 肝细胞癌 染色体q. 基因克隆 生物信息学 |
| 收稿时间： | 2012-12-18 |
| 修稿时间： | 2013-04-09 |
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