| 艾美游仆虫大核基因组与转录组测序及结构特征 |
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| 引用本文： | 何燕,尹家奇,生欣. 艾美游仆虫大核基因组与转录组测序及结构特征[J]. 水生生物学报, 2021, 45(5): 1014-1023. DOI: 10.7541/2021.2020.212 |
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| 作者姓名： | 何燕 尹家奇 生欣 |
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| 作者单位： | 遵义医科大学生物化学与分子生物学教研室 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(31760616)资助~~； |
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| 摘 要： | 为获得艾美游仆虫(Euplotes amieti)大核基因组结构特征、分析基因功能及其表达调控方式,研究采用高通量测序技术对艾美游仆虫进行了大核基因组与转录组测序,结果显示基因组测序最终得到原始reads数据为10.92 Gb,过滤后得到50287条Contigs。GC含量较低,为31%;其中两端同时具有端粒的微染色体数量为27542条,占54.76%,只含有一端端粒的基因数量为6118条。Contigs进行基因结构分析, 96.5%的基因能够被预测出功能,最终得到27650条基因,平均外显子长度为311.69 bp;内含子较短,平均长度为150 bp。转录组测序结果为76219898条,拼接后获得38588条转录组Unigenes,其平均长度为1189 bp。将转录组的38588条Unigenes比对发现有2%—3%基因发生了编程性移码,其中,绝大多数为+1PRF;除此之外,艾美游仆虫的终止密码子还存在重配现象,其终止密码子为UAA和UAG,而UGA编码半胱氨酸或硒代半胱氨酸。这与游仆虫属的编程性移码及终止密码子重配的特点一致。将27650条基因组Contigs与38588条转录组U...
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| 关 键 词： | 艾美游仆虫 大核基因组 转录组 微染色体 基因注释 |
| 收稿时间： | 2020-09-17 |
MACRONUCLEUS GENOME AND TRANSCRIPTOME SEQUENCING AND STRUCTURE ANALYSIS OF EUPLOTES AMIETI |
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| Keywords: | |
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