| 敲除trim47基因斑马鱼脑和脾的比较转录组学分析 |
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| 引用本文： | YAO Jian,WANG Ye-Da,WANG Fang,LIU Li-Yue,LU Yuan-An,LIU Xue-Qin. 敲除trim47基因斑马鱼脑和脾的比较转录组学分析[J]. 水生生物学报, 2021, 45(3): 495-506. DOI: 10.7541/2021.2020.036 |
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| 作者姓名： | YAO Jian WANG Ye-Da WANG Fang LIU Li-Yue LU Yuan-An LIU Xue-Qin |
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| 摘 要： | 用CRISPR/Cas9技术敲除斑马鱼(Danio Rerio)的trim47, 收集TRIM47–/–(trim47基因敲除)和WT(野生型)斑马鱼的大脑和脾脏进行RNA-seq分析, 以鉴定差异表达基因(DEGs)。总共确定了271个DEGs, 经过简要分析, 将这些DEGs注释为KEGG途径和GO富集分析, 与WT组相比, TRIM47-/-组的脑中DEGs集中在细胞黏附和谷氨酸能突触信号传导途径中。在脾脏中, 与野生型组相比, TRIM47-/-组的DEGs在补体和凝血级联信号通路中发生了变化。使用qRT-PCR验证了脑和脾中与补体途径相关的基因, 与转录组数据一致。这些结果表明, Trim47在脾脏和大脑中起着重要的生物学作用, 尤其是通过补体途径参与先天免疫功能。体内感染实验表明, trim47基因敲除可提高斑马鱼中鲤春病毒血症病毒(SVCV)的感染率。总之, 这些发现为TRIM成员在先天免疫中的功能提供了新线索。
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| 关 键 词： | TRIM47 敲除 差异基因 斑马鱼 |
| 收稿时间： | 2020-02-25 |
COMPARATIVE TRANSCRIPTOMIC ANALYSIS OF BRAIN AND SPLEEN IN TRIM47 KNOCKOUT ZEBRAFISH (DANIO RERIO) |
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