丹参线粒体和叶绿体微卫星标记开发及多样性分析

该研究通过生物信息学方法，对丹参线粒体、叶绿体基因组序列进行SSR位点搜索，利用Primer3.0软件在线设计SSR引物，通过PCR扩增，筛选出扩增效果好、多态性高的10对cpSSR引物和13对mtSSR引物，用于分析61份丹参品种的遗传多样性和鼠尾草属植物种间的通用性。结果显示：（1）从2条基因组序列中搜索到32个cpSSR位点和24个mtSSR位点，其中叶绿体单核苷酸的重复序列最多为31个，占96.9%，重复类型中以A/T形式的微卫星最为丰富。（2）23对SSR引物共检测出46个等位基因，平均每个SSR位点等位基因数是2个，有效等位基因数为1.566；预期杂合度(H_e)为0.346，高于双子叶植物的平均水平（H_e=0.190）；多态信息含量（PIC）为0.278，大于0.250小于0.500；Shannons信息指数为0.519，表明所采集的丹参呈中等水平的遗传多样性。（3）聚类分析表明，61份丹参材料的遗传相似系数在0.54~0.96之间，并在遗传相似系数为0.64处将 61份丹参分为6个亚群：四川、山东和安徽省的丹参聚集在Ⅰ和Ⅱ亚群中，说明四川中江、山东和安徽地区的丹参亲缘关系较近，而来源于四川中江的丹参分布于所有亚群，表明四川中江的丹参具有丰富的多态性。（4）通用性检测结果显示，11对mtSSR引物在9种鼠尾草属中的平均通用性比率为64.63%，通用性较高；9对cpSSR引物在10种鼠尾草属中的平均通用性比率为44.66%，通用性较低；引物cp5p、cp8p和cp10p在野芝麻亚科植物属间的通用性较好。研究表明，开发的23对SSR引物在鼠尾草属内具有很好的适用性，可以为该属种间的亲缘关系和种内遗传分化研究提供分子依据。

Development and Diversity Analysis of Mitochondrial and Chloroplast Microsatellite Markers in Salvia miltiorrhiza