文心兰25条miRNA前体序列特性及其表达分析

为了解文心兰miRNA的序列特性及其在不同组织部位中以及软腐病侵染过程中的表达规律，该研究对文心兰转录组及miRNA数据库中的25条miRNA前体(pre miRNA)序列和15条成熟体序列进行序列特性分析，并对25条pre miRNAs在文心兰不同组织部位及软腐病侵染的假鳞茎中的表达情况进行实时荧光定量分析。结果显示：（1）文心兰25条pre miRNAs序列可分为13个家族，其中包含15条成熟体序列。（2）Mfold二级结构预测显示，文心兰25条pre miRNAs的最小折叠自由能在-32.04~ -120.98 kal/mol之间，均可以形成典型、稳定的发夹结构。（3）序列比对分析发现，同一家族的前体与成熟体存在一个约20个碱基长度的保守区域，推测该区域可能为文心兰miRNA成熟体所在区域。其中，13个前体家族中，有10个家族的成熟体可以完全定位于其前体中。（4）实时荧光定量PCR结果显示，在文心兰不同组织部位中，miR159 unigene0037857、miR167 unigene0011236、miR167 unigene0002619、miR169 unigene0022341、miR172 unigene006514、miR396 unigene19032、miR398 unigene0009996、miR2950 unigene0006151、miR2950 unigene0006422等pre miRNAs在叶片中大量累积可能有利于其叶的形态建成；miR162 unigene0003615、miR162 unigene0013441、miR166 unigene0011870、miR168 unigene0009958等pre miRNAs同时在根和叶中均大量表达有利于其根和叶的发育；而miR171 unigene0045985、miR396 unigene0011179、miR396 unigene0011180在根和茎中的大量表达可能有利于其根和茎的发育。（5）在软腐病病菌侵染文心兰假鳞茎的过程中，miR159 unigene0037857、miR167 unigene0011236、miR396 unigene0011179、miR396 unigene0011180、miR396 unigene0019032、miR845 unigene0012489的表达总体呈下降趋势；miR162 unigene0040566、miR166 unigene0011870、miR168 unigene0009958、miR171 unigene0045985在软腐病菌液侵染4 h其表达量升高，之后表达量下调；miR162 unigene0003615、miR167 unigene0002619、miR168 unigene0047942、miR169 unigene0022341、miR845 unigene0012489在菌液侵染过程中其表达量呈现先下降后上升的趋势，并在侵染8 h后表达量达到最低。研究表明，文心兰pre miRNAs 13个家族不同成员在进化进程中具有高度保守性与特异性的结构特点，并可能广泛参与文心兰不同组织的生长发育及参与软腐病菌侵染的响应。

Sequences Characteristics and Expression Patterns of 25 miRNA Precursors in Oncidium hybridum