| 面向生物信息学的工作流管理系统框架 |
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| 引用本文： | 闵波,张乐平,刘小宇,李东方. 面向生物信息学的工作流管理系统框架[J]. 生物信息学, 2011, 9(3): 213-216. DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2011.03.009 |
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| 作者姓名： | 闵波 张乐平 刘小宇 李东方 |
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| 作者单位： | 1. 第二军医大学计算机教研室,上海,200433
2. 第二军医大学生物化学与分子生物学教研室,上海,200433 |
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| 摘 要： | 生物信息学实验的实施通常需要整合多种类型的数据和工具,随着大量的web服务、算法程序和分析工具的出现,如何高效整合这些可用资源共同完成分析实验是当前生物信息学研究的重要内容之一,工作流技术已经成为解决这类问题的一种通用机制.然而,生物信息学工作流的实施涉及高通量数据的计算与存储,同时面临着资源异构性和分布性的挑战.本文首先介绍了生物信息学工作流的基本机制,然后阐述了面向生物信息学的工作流管理系统框架,最后讨论了框架应用中存在的问题和可能的解决途径.
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| 关 键 词： | 工作流 生物信息学工作流 工作流管理系统 |
Framework of workflow management system in bioinformatics |
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| MIN bo,ZHANG le-ping,LIU Xiao-yu,LI Dong-fang. Framework of workflow management system in bioinformatics[J]. Chinese Journal of Bioinformatics, 2011, 9(3): 213-216. DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2011.03.009 |
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| Authors: | MIN bo ZHANG le-ping LIU Xiao-yu LI Dong-fang |
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| Affiliation: | MIN bo~1,ZHANG le-ping~1,LIU Xiao-yu~2,LI Dong-fang~1(1.Department of Computer,Second Military Medical University,Shanghai 200433,China,2.Department of Biochemistry and Molecular Biology,China) |
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| Abstract: | Diverse types of data and tools integration is needed in order to perform an in-silico experiment.With a large number of web services,algorithms and programs developed,how to efficiently integrate these available resources to jointly complete an in-silico experiment is an important part of bioinformatics,and workflow technology has become a generic mechanism to solve this kind of problem.However the implementation of bioinformatics workflow often involves high-throughput data computing and storage,and has f... |
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| Keywords: | workflow bioinformatics workflow workflow management system |
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