山地虎耳草和棒腺虎耳草转录组SSR和SNP分析 |
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引用本文: | 李 彦,焦秀洁,更吉卓玛,贾留坤,王智华,陈世龙,高庆波.山地虎耳草和棒腺虎耳草转录组SSR和SNP分析[J].西北植物学报,2018,38(7):1244-1253. |
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作者姓名: | 李 彦 焦秀洁 更吉卓玛 贾留坤 王智华 陈世龙 高庆波 |
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作者单位: | 中国科学院西北高原生物研究所高山植物适应与进化重点实验室;中国科学院大学;中国科学院西北高原生物研究所信息与学报编辑部;中国科学院西北高原生物研究所青海省作物分子育种重点实验室 |
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基金项目: | 中国科学院“西部之光”人才培养引进计划; |
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摘 要: | 利用Illumina HiSeqTM2000对山地虎耳草和棒腺虎耳草进行转录组测序,分析和比较其SSR和SNP特征。结果表明:山地虎耳草63 763条Unigene序列中含有4 622个SSR,发生频率为7.25%,有110种重复基元,平均每10.00kb出现一个SSR位点;棒腺虎耳草60 972条Unigene序列中含有4 542个SSR,发生频率为7.45%,有85种重复基元,平均每10.40kb出现一个SSR位点,略低于山地虎耳草。山地虎耳草和棒腺虎耳草转录组序列的SSR优势基元均为三核苷酸重复。2个物种的转录组SSR以5~10次的较低重复次数为主,长度主要集中于12~30bp,具有较高的多态性。山地虎耳草和棒腺虎耳草中分别获得118 424个和112 006个SNP位点,编码区的SNP位点分别占30.40%和28.59%,且在编码SNP中同义突变所占比例(30.27%、28.48%)远高于非同义突变(0.13%、0.11%)。比较发现,2个物种的各项检索结果基本一致,推测与选取的组织部位、组织的发育阶段以及物种的亲缘关系有关。
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关 键 词: | 山地虎耳草 棒腺虎耳草 转录组 简单重复序列(SSR) 单核苷酸多态性(SNP) |
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