| 基于RNA-Seq技术分析鼠源宿主防御肽对铜绿假单胞菌成熟生物被膜的清除作用 |
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| 引用本文： | 张阳,程鹏,熊静,李晓芬,李会,王士源,彭练慈,韩玉竹,刘娟,陈红伟. 基于RNA-Seq技术分析鼠源宿主防御肽对铜绿假单胞菌成熟生物被膜的清除作用[J]. 微生物学报, 2021, 61(9): 2843-2853 |
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| 作者姓名： | 张阳 程鹏 熊静 李晓芬 李会 王士源 彭练慈 韩玉竹 刘娟 陈红伟 |
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| 作者单位： | 西南大学医学研究院, 免疫学研究中心, 重庆 402460;西南大学动物医学院, 重庆 402460;西南大学医学研究院, 免疫学研究中心, 重庆 402460;西南大学动物科技学院, 重庆 402460 |
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| 基金项目： | 重庆市研究生科研创新项目（CYS21134）；中央高校基本科研业务费专项资金（XDJK2019B040）；重庆市基础研究与前沿探索项目（cstc2018jcyjAX0466） |
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| 摘 要： | 【目的】利用RNA-Seq技术探究修饰后的鼠源宿主防御肽CRAMP对铜绿假单胞菌PAO1成熟生物被膜的影响。【方法】采用结晶紫法检测生物被膜量,激光共聚焦扫描显微镜(CLSM)观察生物被膜形态学变化;利用Illumina二代高通量测序平台,采用PE150测序策略分析了CRAMP修饰肽干预PAO1生物被膜与对照组在转录水平的基因表达差异;利用1,3-萘二酚方法测定了PAO1生物被膜中藻酸盐含量。【结果】CRAMP修饰肽能显著减少PAO1成熟生物被膜量,并且在0.98–62.50μg/mL范围内呈一定浓度依赖性,CLSM显示CRAMP修饰肽能够显著减少细菌总荧光强度。转录组测序获得了12636700段干净读对,共鉴定出1582个差异基因,发现800个基因表达上调,782个基因表达下调。GO功能富集分析显示,1226个基因比对到GO功能分析数据库,在这些差异表达基因中,与分子功能、生物过程和细胞组成有关。KEGG通路富集分析显示,有603个表达差异显著基因比对到KEGG中的96条代谢途径,其中主要是各类氨基酸代谢途径、脂肪酸代谢途径、三羧酸循环、生物被膜调控系统等。分析发现CRAMP修饰肽可能作用于PAO1 c-di-GMP系统,增强细菌运动性和生物被膜分散,并且与其密度感应(quorum sensing,QS)系统和藻酸盐合成相关。最后经验证,CRAMP修饰肽显著减少了PAO1成熟生物被膜中藻酸盐的含量。【结论】CRAMP修饰肽对PAO1成熟生物被膜具有明显的清除作用,且能导致成熟生物被膜藻酸盐含量下降。通过转录组数据分析,可能是由于CRAMP修饰肽使PAO1c-di-GMP水平下调导致的,具体机制还有待进一步探究。
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| 关 键 词： | 铜绿假单胞菌 宿主防御肽 转录组学 c-di-GMP 密度感应 藻酸盐 |
| 收稿时间： | 2020-11-16 |
| 修稿时间： | 2021-03-10 |
Eradication effect of Pseudomonas aeruginosa biofilms by mouse host defense peptide based on RNA-Seq technology |
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| Yang Zhang,Peng Cheng,Jing Xiong,Xiaofen Li,Hui Li,Shiyuan Wang,Lianci Peng,Yuzhu Han,Juan Liu,Hongwei Chen. Eradication effect of Pseudomonas aeruginosa biofilms by mouse host defense peptide based on RNA-Seq technology[J]. Acta microbiologica Sinica, 2021, 61(9): 2843-2853 |
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| Authors: | Yang Zhang Peng Cheng Jing Xiong Xiaofen Li Hui Li Shiyuan Wang Lianci Peng Yuzhu Han Juan Liu Hongwei Chen |
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| Affiliation: | Immunology Research Center, Medical Research Institute, Southwest University, Chongqing 402460, China;College of Veterinary Medicine, Southwest University, Chongqing 402460, China;Immunology Research Center, Medical Research Institute, Southwest University, Chongqing 402460, China;College of Animal Science and Technology, Southwest University, Chongqing 402460, China |
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| Abstract: | |
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