多裂骆驼蓬叶片转录组分析 |
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引用本文: | 夏铭泽,张雨,余静雅,张发起.多裂骆驼蓬叶片转录组分析[J].广西植物,2021,41(4):503-513. |
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作者姓名: | 夏铭泽 张雨 余静雅 张发起 |
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作者单位: | 中国科学院西北高原生物研究所 高原生物适应与进化重点实验室,西宁 810001;中国科学院大学 生命科学学院,北京 100049;中国科学院西北高原生物研究所 高原生物适应与进化重点实验室,西宁 810001 |
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基金项目: | 国家自然科学基金(31110103911);青海省应用基础研究计划项目(2019-ZJ-7042)[SupportedbytheNationalNaturalScienceFoundationofChina(31110103911);BasicResearchProgramofQinghaiProvince(2019-ZJ-7042)]。 |
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摘 要: | 多裂骆驼蓬为西北荒漠地区常见植物,具有抗风固沙、防止水土流失、抑菌杀虫和抗肿瘤等功效。为了增加骆驼蓬属植物开发利用的强度,弥补其基因功能、代谢通路等分子生物学研究层面的空缺,该文利用Illumina高通量测序平台对多裂骆驼蓬叶片进行转录组测序,根据测序结果进行转录组数据拼接、功能注释、序列水平和表达水平等分析。结果表明:共获得7 723 653 900 bp核苷酸序列信息,拼接组装得到78 641条Unigene,预测出55 535条CDS序列。与多个数据库对比后,获得33 184个NR数据库注释信息;31 835个GO数据库注释信息; 17 206个KOG数据库Unigene功能分类信息; 7 617个KEGG数据库代谢通路注释信息。对单核苷酸多态性位点和微卫星信息进行检测分析,共发现86 113个SNP位点,6 987个SSR信息。该研究首次获得并分析了多裂骆驼蓬的转录组数据,通过基因比对、CDS预测、通路注释、SNP检测和SSR检测等方法,对该植物的基因、通路以及分子标记等方面有了初步的认识,为本种植物后续研究及资源的开发利用奠定了基础。
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关 键 词: | 多裂骆驼蓬 转录组分析 基因注释 SNP SSR |
收稿时间: | 2020/2/6 0:00:00 |
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