| DNA提取方法对苎麻脱胶菌群PCR-DGGE结果偏移的影响 |
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| 引用本文： | 黄鹏,陈洪高,饶维桥,曾庆福. DNA提取方法对苎麻脱胶菌群PCR-DGGE结果偏移的影响[J]. 基因组学与应用生物学, 2010, 29(6). DOI: 10.3969/gab.029.001184 |
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| 作者姓名： | 黄鹏 陈洪高 饶维桥 曾庆福 |
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| 基金项目： | "十一五"国家科技支撑计划项目，湖北省教育厅重点项 |
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| 摘 要： | 为筛选和优化出较适宜的苎麻脱胶菌群DNA提取方法,本文分别以来自苎麻沤麻环境的6种纯培养菌等丰度混合物和苎麻自然沤麻菌群为材料,研究"溶菌酶-SDS"法、"超声波-溶菌酶-SDS"法、"蛋白酶K-SDS"法以及"冻融-蛋白酶K-SDS"法4种DNA提取方法对菌群16Sr DNA基因PCR-DGGE偏移结果的影响。结果表明,4种方法均能从2类材料中提取出了超过1600ng/μL的DNA,不同方法之间DNA产率略有差异,经过超声波处理或反复冻融处理的DNA有明显的降解,但4种方法提供的DNA模板均扩增出了450bp的16Sr DNA基因片段。4种DNA提取方法对DGGE结果有明显影响,且只有"冻融-蛋白酶K-SDS"法检测到了纯培养菌混合物中的全部6种细菌,4种方法获得的自然沤麻菌群的DGGE指纹图谱也明显不同,最多产生17条带("冻融-蛋白酶K-SDS"法),最少只有9条带("溶菌酶-SDS"法),增加超声波或冻融等物理处理可以使部分弱带变强。因此,组合应用物理、生物和化学等细胞裂解方法可以提供更有代表性的DNA,可减少PCR-DGGE结果的偏移。
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| 关 键 词： | 苎麻脱胶菌群 DNA提取方法 DGGE指纹 偏移 |
On the Influence of DNA Extraction from Ramie Retting Microbial Community for Bias of PCR-DGGE Result |
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| Huang Peng,Chen Honggao,Rao Weiqiao,Zeng Qingfu. On the Influence of DNA Extraction from Ramie Retting Microbial Community for Bias of PCR-DGGE Result[J]. Genomics and Applied Biology, 2010, 29(6). DOI: 10.3969/gab.029.001184 |
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| Authors: | Huang Peng Chen Honggao Rao Weiqiao Zeng Qingfu |
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