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| 亚麻EST序列中SSR标记的筛选 | |
| 引用本文： | 张建平,王斌,赵丽娟,王利民,杨崇庆,颉瑞霞,党占海. 亚麻EST序列中SSR标记的筛选[J]. 西北植物学报, 2009, 29(5) |
| 作者姓名： | 张建平 王斌 赵丽娟 王利民 杨崇庆 颉瑞霞 党占海 |
| 作者单位： | 1. 甘肃省农业科学院,作物研究所,兰州,730070 2. 甘肃农业大学,农学院,兰州,730070 3. 甘肃省农业科学院,生物技术研究所,兰州,730070 |
| 基金项目： | 现代农业产业技术体系专项基金，甘肃省农业生物技术研究与应用开发项目，甘肃省自然科学科学基金，油料作物品种创新及产业化发展研究创新团队项目 |
| 摘 要： | 利用亚麻NCBI数据库中的7 941条亚麻EST序列进行SSR的筛选,共发现222个SSR,占整个EST数据库的2.73%,其中三核苷酸重复单元的EST-SSR占总SSR的72.1%,二核苷酸和四核苷酸二者出现的频率基本相近,分别占总SSR的14.4%和13.5%.AGAA是四核苷酸中的优势重复类型,占四核苷酸重复类型的67.67%.设计的21对EST-SSR引物中有18对在10个亚麻材料中有扩增产物,占设计引物的85%,有14对产物条带比较清晰并具有多态性.基于SSR标记进行聚类分析,可将10个亚麻材料划分为3个组.本研究建立的亚麻SSR标记,为亚麻遗传多样性鉴定、分子作图等研究提供了一种有效的分子标记系统. |
| 关 键 词： | 亚麻 标记 |
Screen of SSR Markers from EST of Flax (Linum usitatissimum L.) |
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| ZHANG Jian-ping,WANG Bin,ZHAO Li-juan,WANG Li-min,YANG Chong-qing,XIE Rui-xi,DANG Zhan-hai. Screen of SSR Markers from EST of Flax (Linum usitatissimum L.)[J]. Acta Botanica Boreali-Occidentalia Sinica, 2009, 29(5) | |
| Authors: | ZHANG Jian-ping WANG Bin ZHAO Li-juan WANG Li-min YANG Chong-qing XIE Rui-xi DANG Zhan-hai |
| Affiliation: | 1 Institute of Crop Science;Gansu Academy of Agricultural Science;Lanzhou 730070;China;2 Agronomy College;Gansu Agricultural University;3 Institute of Bio-technology;China |
| Abstract: | In this study,222 SSR from 7941 ESTs in NCBI are obtained,representing 2.73% of total ESTs.Trinucleotide repeats,accounting for 72.1% of EST-SSRs,are dominant.Di-and Tri-nucleotide repeats are similar with frequency,accounting for 14.4% and 13.5% of SSRs,respectively.AGAA is the most frequent motif,about 67.67% in tetranucleotide repeats.18 pairs from 21 designed primer pairs of EST-SSRs show the amplification under a suitable PCR system in 10 flax germplasm.14 primers amplify clear bands with high SSR poly... |
| Keywords: | EST SSR |
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