| 水稻NBS-LRR基因选择性剪接的全基因组检测及分析 |
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| 引用本文： | 顾连峰,郭荣发.水稻NBS-LRR基因选择性剪接的全基因组检测及分析[J].遗传学报,2007,34(3):247-257. |
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| 作者姓名： | 顾连峰 郭荣发 |
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| 作者单位： | 广东海洋大学农学院,湛江,524088 |
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| 基金项目： | 广东省自然科学基金;广东省教育厅自然科学基金 |
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| 摘 要： | 选择性剪接是促进基因组复杂性和蛋白质组多样性的一种主要机制,但是对水稻NBS-LRR序列选择性剪接的全基因组分析却未见报道。通过隐马尔柯夫模型搜索,从TIGR数据库里得到了855条编码NBS-LRR基序的序列。利用这些序列在KOME、TIGR基因索引及UniProt三个数据库中进行同源搜索,获得同源的完整cDNA序列、假设一致性序列和蛋白质序列。再利用Spidey和SIM4程序把完整cDNA序列和假设一致性序列联配到相应的BAC序列上来预测选择性剪接。蛋白质序列和基因组序列之间的联配使用tBLASTn。在这875个NBS-LRR基因中,119个基因具有选择性剪接现象,其中包括71内含子保留,20个外显子跳跃,25个选择性起始,16个选择性终止,12个5′端的选择性剪接和16个3′端选择性剪接。大多数选择性剪接都为两个和多个转录本所支持。可以通过访问http://www.bioinfor.org查询这些数据。进而通过生物信息学分析剪接边界发现外显子跳跃和内含子保留的‘GT…AG’的规则不如组成型的保守。这暗示了它们是通过不同的调控机制来指导剪接变构体的形成。通过分析内含子保留对蛋白质的影响,发现选择性剪接的蛋白更倾向于改变其C端氨基酸序列。最后对选择性剪接的组织分布和蛋白质定位进行分析,结果表明选择性剪接的最大类的组织分布是根和愈伤组织。超过1/3剪接变构体的蛋白质定位是质膜和细胞质。这些选择性剪接蛋白可能在抗病信号转导中起到重要作用。
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| 关 键 词： | 选择性剪接 生物信息学 NBS-LRR同源序列 水稻 |
| 收稿时间： | 7 May 2006 |
| 修稿时间： | 2006-05-07 |
Genome-wide Detection and Analysis of Alternative Splicing for Nucleotide Binding Site-Leucine-Rich Repeats Sequences in Rice |
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| Lianfeng Gu,Rongfa Guo.Genome-wide Detection and Analysis of Alternative Splicing for Nucleotide Binding Site-Leucine-Rich Repeats Sequences in Rice[J].Journal of Genetics and Genomics,2007,34(3):247-257. |
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| Authors: | Lianfeng Gu Rongfa Guo |
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| Institution: | College of Agriculture, Guangdong Ocean University, Zhanjiang 524088, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | alternative splicing bioinformatics NBS-LRR homologous sequence rice |
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