| 利用TCGA数据库构建肾透明细胞癌相关miRNA预后模型 |
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| 引用本文： | 高艾,王昕苑,苏依琳,苏龙龙,张建辉,牛晓辰.利用TCGA数据库构建肾透明细胞癌相关miRNA预后模型[J].生物信息学,2021,19(4):260-269. |
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| 作者姓名： | 高艾 王昕苑 苏依琳 苏龙龙 张建辉 牛晓辰 |
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| 作者单位： | 山西医科大学,太原 030000 |
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| 摘 要： | 利用TCGA数据库中肾透明细胞癌的miRNA与mRNA数据及临床信息,构建由miRNA组成的预后风险评分模型,并筛选与生存预后相关的miRNA-mRNA调控关系对,为研究提供理论依据。下载并整理TCGAJP+1]数据库中肾透明细胞癌的miRNA与mRNA数据；对数据进行差异分析,将差异表达的miRNA与临床信息进行合并,利用单因素与多因素Cox回归分析,构建预后模型并进行模型评价；对模型中的miRNA进行靶基因预测,结果与差异表达的mRNA进行取交集,构建miRNA-mRNA调控网络；对网络中的mRNA进行生存分析,筛选生存相关的miRNA-mRNA调控关系对。共得到49个差异表达的miRNA与3 613个差异表达的mRNA；预后模型计算公式为:风险值(risk score)=hsa-miR-21-5p表达量×0.603＋hsa-miR-1251-5p表达量×-0.093；调控网络中共纳入31个miRNA-mRNA调控关系对；对mRNA进行生存分析,共得到7个有价值的关系对。所构建预后模型可有效预测肾透明细胞癌患者生存预后情况,筛选到的miRNA-mRNA调控关系对可为相关研究与治疗提供参考。
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| 关 键 词： | 肾透明细胞癌 miRNA-mRNA 预后模型 TCGA数据库 |
| 收稿时间： | 2020/8/5 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2020/10/14 0:00:00 |
Exploiting the TCGA database to establish a prognostic model of miRNAs associated with kidney renal clear cell carcinoma |
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| GAO Ai,WANG Xinyuan,SU Yilin,SU Longlong,ZHANG Jianhui,NIU Xiaochen.Exploiting the TCGA database to establish a prognostic model of miRNAs associated with kidney renal clear cell carcinoma[J].China Journal of Bioinformation,2021,19(4):260-269. |
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| Authors: | GAO Ai WANG Xinyuan SU Yilin SU Longlong ZHANG Jianhui NIU Xiaochen |
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| Institution: | Shanxi Medical University, Taiyuan 030000, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Kidney renal clear cell carcinoma miRNA-mRNA Prognostic model TCGA database |
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