| 瘤胃微生物RNA提取中样品前处理方法的优化 |
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| 引用本文： | 刘思佳,赵圣国,郑楠,王加启.瘤胃微生物RNA提取中样品前处理方法的优化[J].微生物学杂志,2020(1):88-93. |
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| 作者姓名： | 刘思佳 赵圣国 郑楠 王加启 |
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| 作者单位： | 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 动物营养国家重点实验室，北京 100193,中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 动物营养国家重点实验室，北京 100193,中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 动物营养国家重点实验室，北京 100193,中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 动物营养国家重点实验室，北京 100193 |
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| 基金项目： | 国家重点研发计划项目(2017YFD0500502)；国家自然科学基金项目(31430081)；中国农业科学院农业科技创新工程重大产出科研选题项目（CAAS-ZDXT2019004）；中国农业科学院科技创新工程项目（ASTIP-IAS12） |
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| 摘 要： | 通过优化瘤胃液前处理方法,提高瘤胃微生物RNA提取数量与质量。试验优化4个前处理条件,共组合形成5个处理组。前处理完成后,利用Trizol进行RNA提取,检测RNA浓度和完整度(RIN)。结果显示,提取瘤胃内容物和瘤胃菌体RNA浓度和完整度的影响没有显著差异(P0.05)。液氮保存的样品提取的RNA浓度和完整度均显著(P0.05)高于RNA保护液保存的样品。解冻处理对RNA浓度的影响无显著差异(P0.05),但是不解冻处理提取的RNA完整度显著高于解冻处理(P0.05)。液氮冷冻研磨提取的RNA浓度(P0.05)显著高于常温研磨,但是对RNA完整度的影响没有显著差异(P0.05)。瘤胃内容物、液氮速冻、不解冻处理结合冷冻研磨方法所提取RNA的RIN值为9.43,完整度最高。瘤胃内容物、液氮速冻、解冻离心收集菌体结合冷冻研磨方法所提取的RNA浓度为1 048 ng/μL,为最高浓度。因此,瘤胃内容物直接液氮速冻并在不解冻条件下冷冻研磨,所提取的RNA效果最好,可用于后续宏转录组学试验。
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| 关 键 词： | 瘤胃液 前处理 破碎温度 RNA提取 优化 RNA质量 |
Optimization of Sample Pretreatment in Rumen Microbial RNA Extraction |
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| LIU Si-ji,ZHAO Sheng-guo,ZHENG Nan and WANG Jia-qi.Optimization of Sample Pretreatment in Rumen Microbial RNA Extraction[J].Journal of Microbiology,2020(1):88-93. |
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| Authors: | LIU Si-ji ZHAO Sheng-guo ZHENG Nan and WANG Jia-qi |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | rumen fluid pretreatment grinding temperature RNA extraction optimization RNA quality |
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