联合TCGA,GEO数据库分析THY1在胃癌中的表达及临床意义

为了研究THY1 (THYmocyte differentiation antigen 1)在胃癌中的表达情况,预测并探讨THY1参与肿瘤发生发展的可能机制及临床价值。本研究从GEO (Gene expression omnibus)数据库中选择GSE33335、GSE56807、GSE63089 3个芯片的数据,利用"limma"、"RobustRankAggreg".R语言包,找到3个芯片中共同的差异基因,并通过DAVID网站对差异基因进行功能通路富集分析,利用"ggplots".R语言包进行可视化分析。通过Kmplotter在线网站筛选跟胃癌生存预后相关的差异基因。利用Oncomine数据库探究THY1基因在不同癌症及胃癌中的差异表达。利用癌症基因组图谱TCGA (Cancer genome atlas)数据库获取胃癌数据集,随后以THY1的表达水平进行患者的生存分析和基因集富集分析(gene set enrichment analysis, GSEA),以期挖掘THY1的潜在临床意义及其分子机制。结果本研究发现THY1的表达水平与胃癌患者的生存预后相关,THY1高表达的患者总生存期明显短于低表达的患者(p0.001) THY1高表达样本富集了细胞黏附、细胞因子受体互作通路、ECM受体通路、粘着斑通路、骨架蛋白调控、癌症通路、TGF-β通路等基因集。研究结果表明,在胃癌中,THY1高表达是一种预后不良因素,可以作为预测患者转移发生、判断预后的有效生物标志物。