| SARS-CoV(BJ01)基因预测及功能推测 |
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| 引用本文： | 陈廷贵,吴松锋,万平,杜春娟,荔建琦,李栋,魏广智,李滨,王中胜,薛晓芳,朱云平,贺福初. SARS-CoV(BJ01)基因预测及功能推测[J]. 遗传学报, 2003, 30(8): 773-780 |
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| 作者姓名： | 陈廷贵 吴松锋 万平 杜春娟 荔建琦 李栋 魏广智 李滨 王中胜 薛晓芳 朱云平 贺福初 |
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| 作者单位： | 北京放射医学研究所系统生物学实验室,北京,100850 |
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| 基金项目： | 北京市科委资助，解放军总后勤部全军医药卫生科研基金资助 (0 3F0 14 2 )~~ |
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| 摘 要： | 通过对有关SARS—Cov文献的调研，指出了有关基因预测和功能研究的不足。为制备有效的药物和疫苗，对SARS—CoV(BJ01)重新进行了基因预测和功能推测。比较12种基因预测方法对冠状病毒属中已知基因的预测优劣，选用Heuristic models、Gene Identification、ZCURVE—CoV和ORF FINDER4种较好的方法来预测基因，然后运用AT—Gpr分析第一起始密码子的可能性及是否符合Kozak规则，同时搜索转录调控序列，以提高基因预测的准确性。共预测出34个ORF，排除NCBI及有关文献中完全相同或有微弱差别的13个，得到21个大于50个氨基酸的可能新基因。对于预测出的蛋白质，运用ProtParam分析它们的物理化学特征，用SignaIP分析蛋白是否有信号肽，用BLAST、FASTA分析是否有相似序列，用TMPred、TMHMM、PFAM和HMMTOP分析结构域或模体，以提高基因功能推测的可靠性。根据4种基因预测方法使用情况、与其他冠状病毒属已知基因匹配分值、匹配预期值、已知基因与预测基因长度差别，将21个可能的新基因按出现可能性分为4类。同时对结果进行了讨论。
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| 关 键 词： | SARS—CoV 基因预测 基因功能 |
| 文章编号： | 0379-4172(2003)08-0773-08 |
| 修稿时间： | 2003-06-27 |
Gene Prediction and Function Research of SARS-CoV(BJ01) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | SARS-CoV gene prediction gene function |
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