腺病毒7d基因型与7b基因型全基因组比较分析 |
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作者姓名: | 任洛 付扬喜 郑首燕 王鹂鹂 倪科 王莉佳 臧娜 谢晓虹 邓昱 刘恩梅 |
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作者单位: | 重庆医科大学附属儿童医院儿科研究所儿科学重庆市重点实验室儿童发育疾病研究教育部重点实验室,儿童发育重大疾病国家国际科技合作基地,重庆400014;重庆医科大学附属儿童医院呼吸中心,重庆,401122 |
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基金项目: | 国家自然科学基金;国家科技重大专项;国家临床重点专科建设项目 |
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摘 要: | 为了解重庆地区流行的7型腺病毒(Human adenovirus 7,HAdV-7)基因型型别,从全基因组水平探讨HAdV-7b和HAdV-7d可能的致病性差异,收集儿童急性下呼吸道感染患儿的呼吸道分泌物标本分离培养,提取DNA后进行HAdV-7基因型别鉴定、限制性酶切分析和全基因组测序,再利用MEGA6比较分析。本研究在2009年6月~2013年1月间共收集4334份急性下呼吸道感染患儿的鼻咽抽吸物标本,随机选取2411份进行病毒分离培养,共有164份(164/2411,6.8%)鼻咽抽吸物HAdV阳性,其中HAdV-7 87例。限制性酶切分析显示,随机挑选的3株HAdV-7分离株均为HAdV-7d。CQ1198株行全基因组测序并与其他HAdV-7全基因组构建进化树,结果发现16株中国地区的HAdV-7为HAdV-7d基因型,且上述16株HAdV-7与7d2的同源性为99.9%,与7b的同源性为98.2%。相较于ak40株(HAdV-7b),CQ1198共有49处核苷酸替换,其中20处可导致非同义替换;4处核苷酸插入,其中24bp和18bp 2个片段插入分别位于病毒相关RNAⅡ(Virus-associated RNAⅡ,VA RNAⅡ)和L3的pⅥ区域。HAdV-7可有多个基因型致病,且一直处于进化过程中,其主要流行基因型由HAdV-7b变为HAdV-7d。应加强对HAdV分子流行病学监测,明确其进化规律,为HAdV疫苗研发提供分子流行病学依据。
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关 键 词: | 腺病毒 HAdV-7基因型 全基因组 进化树 |
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