| 肠道病毒71型感染相关调控枢纽基因筛选 |
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| 引用本文： | 朱祥,尧晨光,胡康洪.肠道病毒71型感染相关调控枢纽基因筛选[J].生物信息学,2017,15(4):242-248. |
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| 作者姓名： | 朱祥 尧晨光 胡康洪 |
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| 作者单位： | 湖北工业大学 中德生物医学中心,武汉 430068;发酵工程教育部重点实验室湖北工业大学,武汉 430068,湖北工业大学 中德生物医学中心,武汉 430068;发酵工程教育部重点实验室湖北工业大学,武汉 430068,湖北工业大学 中德生物医学中心,武汉 430068;发酵工程教育部重点实验室湖北工业大学,武汉 430068 |
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| 基金项目： | 湖北省自然科学基金重点项目(2014CFA075)；武汉市科技局应用基础研究计划项目(2015060101010033). |
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| 摘 要： | 肠道病毒71型(enterovirus 71)是引起婴幼儿手足口病的重要病原体,目前尚无特效抗病毒药物,并且宿主对病毒感染的应答研究有限。为深入研究病毒感染后宿主调控机制,分析了EV71感染RD细胞的基因表达芯片数据,筛选到与感染时间相关的6 642个差异基因;同时使用加权基因共表达网络分析方法(WGCNA)构建基因调控网络,得到和病毒感染时间呈强正负关联的pink模块和darkgreen模块。结果表明:GO分析发现目标模块分别富集于前剪切体的反式组装与翻译起始,KEGG Pathway富集分析发现pink模块没有显著的通路富集,darkgreen模块通路富集于核糖体相关通路;Visant展示目标模块的调控网络并筛选出pink模块枢纽基因RPS4X、HSPA13、CXCL9、CD55与darkgreen模块枢纽基因ABLIM1、MPDU1、SUPT7L、CTSS。q PCR验证的3个持续上调的基因TXNIP、EGR1、c-FOS和8个枢纽基因的转录水平与芯片数据一致,其中TXNIP、EGR1、c-FOS表达上调超过2.5倍,CXCL9下调4.5倍。这些关键基因的发现可能为EV71感染机理的研究和药物研发提供参考。
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| 关 键 词： | 肠道病毒71型(EV71) 加权基因共表达网络分析 GO分析 枢纽基因 感染关联模块 |
| 收稿时间： | 2017/5/11 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2017/8/21 0:00:00 |
Screening enterovirus 71 infected-related host regulatory hub genes |
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| ZHU Xiang,YAO Chenguang and HU Kanghong.Screening enterovirus 71 infected-related host regulatory hub genes[J].China Journal of Bioinformation,2017,15(4):242-248. |
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| Authors: | ZHU Xiang YAO Chenguang and HU Kanghong |
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| Institution: | Sino-German Biomedical Center, Hubei University of Technology, Wuhan 430068, China;Key Laboratory of Fermentation Engineering, Ministry of EducationHubei University of Technology, Wuhan 430068,China,Sino-German Biomedical Center, Hubei University of Technology, Wuhan 430068, China;Key Laboratory of Fermentation Engineering, Ministry of EducationHubei University of Technology, Wuhan 430068,China and Sino-German Biomedical Center, Hubei University of Technology, Wuhan 430068, China;Key Laboratory of Fermentation Engineering, Ministry of EducationHubei University of Technology, Wuhan 430068,China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Enterovirus 71 Weighted gene coexpression network analysis Gene ontology analysis Hub gene Infection associated modules |
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