家猪长链非编码RNA的组织特异性表达及其对肉质的影响

长链非编码RNA(lncRNA)是一类无法编码蛋白且长度大于200 nt的RNA,lncRNA可参与生物体内多种调控与代谢过程，且在多种生物体内呈现出组织特异性的表达模式。然而，lncRNA在家猪Sus scrofa domestica体内的组织特异性表达模式和功能机制尚不明确。肌肉内脂肪（IMF）是影响猪肉品质的重要因素之一，IMF的沉积受多种机制的调控，而lncRNA对IMF的影响还有待深入研究。本研究利用GEO数据库中家猪RNA-seq数据，通过生物信息学方法共筛选23 678个lncRNA，包括14 309个新鉴定的lncRNA，其中1 218个被鉴定为组织特异性lncRNA(TS lncRNA)。与mRNA相比，lncRNA具有长度较短、表达量更低和外显子数量更少等特点。通过顺式作用与反式作用分别预测了TS lncRNA的潜在作用位点，并通过GO和KEGG分析进行功能注释，发现TS lncRNA的功能总体上与其所属组织或器官的功能相关。此外，发现了潜在影响家猪IMF含量的lncRNA MSTRG. 7256.5，并对其进行了RNA干扰与过表达实验，结果表明MSTRG. 725...