杨扇舟蛾颗粒体病毒晚期表达因子的分析

【目的】本研究对杨扇舟蛾颗粒体病毒(Clostera anachoreta granulovirus,Clan GV)的晚期表达因子(Late expression factors,LEFs)进行生物信息学分析,并对Clan GV的lefs与其它杆状病毒的lefs进行对比,对鉴定lef基因和研究Clan GV的感染机制具有重要意义。【方法】使用ORF finder在线程序进行开放阅读框(ORFs)分析,BLASTP程序用于蛋白序列的同源分析,DNAStar和DNAClub生物学软件用于对序列进行处理和分析,采用BLAST在公共数据库中对序列进行比对,Clustal W Version 1.8和Gene Doc 2.7用于多序列的比对和分析,用MEGA 6.06的NJ法进行系统发育分析。【结果】Clan GV基因组包括15个lef基因,分别为ie-1、lef-2、39k、lef-11、p35、p47、lef-1、lef-6、lef-5、lef-4、dnapol、lef-3、lef-9、lef-8和lef-10。Clan GV与云杉枞色卷蛾颗粒体病毒(Choristoneura occidentalis granulovirus,Co GV)、黄地老虎颗粒体病毒(Agrotis segetum granulovirus,As GV)、苹果异形小卷蛾颗粒体病毒(Cryptophlebia leucotreta granulovirus,Cl GV)、马铃薯块茎蛾颗粒体病毒(Phthorimaea operculella granulovirus,Po GV)和苹果蠹蛾颗粒体病毒(Cydia pomonella granulovirus,Cp GV)有着较近的亲缘关系。颗粒体病毒中只有Clan GV和分月扇舟蛾颗粒体病毒含有p35。Clan GV的lef-2的转录方向不同于其它12个颗粒体病毒。γ和δ杆状病毒分别只含有7个和3个Clan GV的lef同源基因。Clan GV的lefs跟其它杆状病毒lefs的相似性较低,其中Clan GV与其它颗粒体病毒间的相似性高于Clan GV与核型多角体病毒间的相似性。Clan GV的lef-2、39k、p35、lef-5、dnapol和lef-9在启动子上游拥有TATA box;p47和lef-1在TATA下游20~40 bp处还有一个CACT基序;lef-11、p35、lef-6、lef-5、lef-3、lef-9、lef-8和lef-10这8个基因有晚期启动子基序TAAG;而p35、lef-5、lef-9和lef-10上游既有TATA又有TAAG基序。【结论】结果为研究杆状病毒的基因功能和感染机制提供了数据基础。

Analysis of the late expression factor genes in Clostera anachoreta granulovirus