| 黄瓜绿斑驳花叶病毒湖南邵阳株系基因组MP片段的测定及生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 张亚东,赵慧茹,周倩,赵亚光,高必达.黄瓜绿斑驳花叶病毒湖南邵阳株系基因组MP片段的测定及生物信息学分析[J].基因组学与应用生物学,2013,0(3):325-331. |
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| 作者姓名： | 张亚东 赵慧茹 周倩 赵亚光 高必达 |
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| 作者单位： | 张亚东 (湖南农业大学生物信息系，长沙，410128)； 赵慧茹 (湖南农业大学植物保护系，长沙，410128)； 周倩 (湖南农业大学植物疾病控制与利用湖南省高校重点实验室，长沙，410128 湖南农业大学生物信息系，长沙，410128 植物病虫害生物学与防控湖南省重点实验室，长沙，410128)； 赵亚光 (湖南农业大学植物保护系，长沙，410128)； 高必达 (湖南农业大学植物疾病控制与利用湖南省高校重点实验室，长沙，410128 湖南农业大学生物信息系，长沙，410128 植物病虫害生物学与防控湖南省重点实验室，长沙，410128)； |
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| 基金项目： | 国家支撑计划项目南方丘陵山地农区农业面源污染防控技术集成与示范(项目编号：2012BAD15B04-1) |
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| 摘 要： | 本文运用RT-PCR方法克隆了黄瓜绿斑驳花叶病毒(cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)湖南邵阳株系的基因组MP(CGMMV-HuNSY movement protein)片段,测序并进行了分析。结果显示,片段全长共有803bp(KC684977),编码由264个氨基酸组成的蛋白质,推测分子量约28.87kD,理论等电点pI为9.06,ProtParam预测显示为不稳定蛋白,与已报道的辽宁分离物病毒的MP作比较,核苷酸相似性为99.6%,氨基酸相似性为98.9%;湖南邵阳株系CGMMVMP蛋白无高度卷曲螺旋部位,有跨膜结构区域,该部位表现为疏水性,可能为蛋白互作位点;磷酸化位点均匀分布于整个多肽链中,存在5个主要的B细胞抗原表位预测位点;对烟草花叶病毒属病毒MP氨基酸序列进行了motif查找,发现了该属病毒氨基酸序列的3个保守区段,还进行了密码子偏向性分析。此外,发现了1个酰胺化位点和1个依赖于cAMP和cGMP的蛋白激酶磷酸化位点,可能与病毒的侵染机制有关。
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| 关 键 词： | 黄瓜绿斑驳花叶病毒 RT-PCR 测序 生物信息学分析 |
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