基于microRNA-mRNA配对表达谱进行联合分析的方法学进展

microRNA(miRNA)是一类内源性非编码小RNA,主要通过降解靶基因或抑制靶基因的翻译而调控表达。由于其作用机制复杂,目前尚未发现高效而低成本的靶标定位方法。近年来,基于碱基互补配对原理的计算机预测法被广为应用,但此方法假阳性高,不同算法所得结果差异大,会误导和干扰下游的功能学实验。因此,有研究者提出结合样本配对mRNA表达量来进一步定位靶基因,明确miRNA-mRNA相互作用方式,这种联合分析的方法受到了普遍认可。本文回顾了近年来基于miRNA-mRNA配对表达谱进行联合分析的方法学进展,并简要分析各类方法的应用范围和优缺点,为后续研究者选择方法提供参考。